Validation of a genus-specific gene; TPS, used as internal control in quantitative Real Time PCR of transgenic cotton

شناسايي ژن هايي با سطح بيان ثابت يكي از پيش نيازهاي ارزيابي تغييرات ترانسكرپيتوم است. بيان اين ژن ها بطور ايدهآل trehalose 6– phosphate ) TPS نبايد با تغييرات شرايطي محيطي و مرفولوژيكي گياه تغيير كند. در اين تحقيق ژن به روش كمي مورد ارزيابي قرار Taqman Real-time-PCR توسط تكنيك (Gossypium spp) در گياه پنبه (synthase Neishabour Taghva ،ZETA 2 ،Acala SJ ،Coker گرفت. بيان اين ژن در 5 كولتيوار مختلف پنبه كه عبارتند از: 312 بررسي شد. محصول تكثير مشخصي براي اين كولتيوارها به دست آمد، در G. barbadense و كولتيوار وحشي ديپلوييد پنبه برنج (Zea mays) ذرت (Hordeum Vulgare) صورتيكه هيچ تكثيري در گياهان جو Triticum ) گندم (Taxus baccata) سرخدار (Pistacia vera) پسته (ficus carica) انجير (Oryza sativa) مشاهده نشد. بنابراين اين آزمايش ثابت كرد كه پرايمرها و پروب (Glycine max) و سويا (Rosa hybrida) رز (aestivum اختصاصي است. نتايج نشان داد كه TPS طراحي شده در اين مطالعه به منظور شناسايي كيفي و كمي ژن كنترل داخلي به عنوان ژن داخلي درآزمايش هاي بيان ژن در پنبه استفاده نمود، به عبارت ديگر اين ژن كانديد TPS ميتوان از ژن مناسبي به عنوان ژن داخلي مرجع به منظور تعيين ويژگي هاي گياه تراريخته پنبه از نظر هموزيگوسيتي و كپي نامبر است.

Identification of genes with invariant levels of gene expression is a prerequisite for validating transcriptomic changes accompanying development. Ideally expression of these genes should be independent of the morphogenetic process or environmental condition.We report here the validation of internal control gene i.e.TPS (trehalose 6-phosphate-synthase) in cotton (Gossypium spp), using TaqMan system in quantitative Real Time PCR (qRT-PCR). The Gene expression was tested in five different G. hirsutum cultivars including Coker 312, Acala SJ, ZETA 2, Taghva, Neishabour and a diploid wild type; G. barbadense. Identical amplicons were obtained within these cultivars. No amplifications was achieved when DNA samples from barley (Hordeum vulgare), maize (Zea mays), rice (Oryza sativa), Fig (Ficus carica), pistachio (Pistacia vera), yew (Taxus baccata), wheat (Tirticum aestivum), rose (Rosa hybrida) and soybean (Glycine max) were used as template. Therefore, it was confirmed that the primers and probes designed in this study were specific for the identification and quantification of internal control gene. These results reveal the possibility of using the TPS gene as an internal control in cotton. In another word, this gene would be a suitable candidate as a reference gene in examination of gene expression, detection of transgenic cotton and determining e the zygosity as well as the copy number of the transgene.