شبيه سازي ساختار دوم مولكول RNA بر اساسسينتيك تاخورد گيتصادفي در يك توالي فرضي

Simulation of Supposed RNA Secondary Structure Using Stochastic Folding Kinetics

محدودیت ها در روش های تجربی در پیش بینی ساختارهای ماكرومولكول ها منجر به طراحی الگوریتم های متعدد در فضای lInsilico به منظور پیش بینی ساختارهای دوم و سوم در آنها شده است. در این تحقیق از نرم افزار kinefold به منظور مطالعه سینتیك تاخوردگی تصادفی یك توالی فرضی با در نظر گرفتن مداخله شبه گره ها در تعیین ساختمان دوم استفاده شده است. در نهایت روند شكل گیری هلیكس ها و تغییرات انرژی آزاد گیبس در واحد زمان مولكولی به صورت گراف و ساختارها از لحاظ سطح انرژی نمایش داده شدند.

Restrictions of experimental methods in structure determination of macromolecules have been led to design several Insilico algorithms for secondary and tertiary structure prediction. In this study we have used kinefold software for simulation the stochastic folding kinetics of supposed RNA sequence in consider of pseudoknots interactions. Finally the results have been displayed as helix traces , free energy and some structures classified according to their low free energies