حالت هاي تعادلي نانو حلقه هاي DNA در مدل هاي كشساني مختلف

Equilibrium states of nano scaled DNA loops in different elastic models

در اين مقاله با استفاده از شبيه سازي مونته كارلو، آرايش هاي تعادلي نانو حلقه هاي DNA را در مدلهاي ميله كشسان متقارن و نامتقارن بررسي و مقايسه مي كنيم. نشان خواهيم داد كه به دليل اثرات آنتروپيك، نانو حلقه هاي DNA از آرايش دايره اي فاصله مي گيرند و آرايش هاي موزري شكل اختيار مي كنند. همچنين وجود حمش شديد در حلقه ي DNA را در مدل ميله كشسان نامتقارن نشان خواهيم داد.

In this paper we use Monte Carlo simulation to study and compare equilibrium configuration of nano scale DNA loops in the symmetric and asymmetric elastic rod models. We will show that, as a result of entropic effects, DNA loops deviate from circular configuration and choose banana-like configurations. Also we show that kinks can be formed in DNA loops in asymmetric elastic rod model