بررسي فيلوژنتيكي پوتي‌ويروس جدا شده از گياه شوكران در استان كرمان براساس ژن پروتئين پوششي

جنس Potyvirus با 115 گونه قطعي و 85 گونه احتمالي بزرگترين و مهمترين جنس در تيره Potyviridae به شمار مي‌رود. پوتي ويروسها موجب خسارات قابل توجهي در طيف گسترده‌اي از گياهان زراعي مي‌گردد و توسط شته‌ها به صورت ناپايا منتقل مي‌شوند. گياه شوكران با نام علمي Conium maculatum L. از خانواده‌ي Apiaceae، گياهي است كه در مناطق معتدل اروپا، غرب آسيا، شمال آفريقا، شمال امريكا، استراليا و نيوزيلند يافت مي‌گردد. در نمونه‏برداري‏هاي انجام شده بر روي تعدادي از گياهان دارويي در مزارع و مراتع شهرستان بردسير استان كرمان طي سه مرحله در سال‌هاي 94 و 95، گياهان شوكران با علايم موزاييك و رگبرگ نواري زرد مشاهده گرديدند. بررسي‎هاي اوليه با آزمون ACP-ELISA با بهره‌گيري از آنتي‏سرم عمومي پوتي‏ويروس‏ها رابطه‏ي عامل بيماري را با پوتي‌ويروس ها نشان داد. براي شناسايي دقيق عامل بيماري آر.ان.اي كل با استفاده از كيت شركت دنازيست ايران استخراج و DNAمكمل (cDNA) از روي RNA ويروسي ساخته شد. سپس با استفاده از آغازگرهاي دژنره Sprimer/OligodT قطعه‌اي به طول 1600 جفت باز تكثير و كيفيت قطعات تكثير شده حاصل از واكنش بر روي ژل آگارز 1% بررسي گرديد. قطعه تكثير شده جدايه‏ مورد نظر براي تعيين توالي به شركت‏ Macrogen (كره جنوبي) فرستاده شد. ترجمه آمينو اسيدي توالي ناحيه پروتئين پوششي از كل ناحيه تكثير شده جدايه‌ي مورد بررسي با ساير توالي‏هاي موجود در بانك ژن NCBI با استفاده از نرم‏افزار BLAST مقايسه شد. نتيجه اين مقايسه نشان داد جدايه مورد بررسي بيشترين شباهت را با برخي پوتي‌ويروس‌ها مانند Lettuce mosaic virus و Narcissus late season yellows virus دارد. در عين حال ميزان شباهت توالي نوكلئوتيدي ناحيه تعيين ترادف شده با نواحي متناظر در گونه‌هاي ياد شده از 68٪ فراتر نمي‌رود. مطابق با معيارهاي تفكيك گونه‌ها ارائه شده توسط كميته بين المللي تاكسونومي ويروس‌ها (ICTV)، ويروس جدا شده از گياه شوكران مي‌تواند به عنوان يك گونه‌ي مجزا در جنس پوتي‌ويروس معرفي شود.