مطالعات بيوانفورماتيكي جهت ايجاد مقاومت چندگانه به جدايه هاي ايراني پوتي ويروس هاي مهم كدوئيان با استفاده از مكانيسم خاموشي آر ان آ

كدوئيان گروهي از مهمترين محصولات كشاورزي كشت شده در ايران مي¬باشند. دو گونه ويروس موزاييك هندوانه (Watermelon mosaic virus-2, WMV-2) و ويروس موزاييك زرد كدو (Zucchini yellow mosaic virus, ZYMV) متعلق به جنس Potyvirus مي¬باشند كه خسارت زيادي را به كدوئيان ايجاد مي¬كنند. در اين پژوهش امكان طراحي نرم افزاري يك سازه با كارايي مناسب جهت ايجاد مقاومت به اين دو ويروس بررسي شد. طراحي ساختار آر ان اي سنجاق¬سري به منظور ايجاد يك لاين مقاومي از كدوئيان كه بتواند در برابر هر دو ويروس از مقاومت قابل توجهي در آلودگي¬هاي منفرد و يا دوتايي بصورت هم¬زمان برخوردار باشد انجام گرفت. بدين منظور توالي¬هاي نوكلئوتيدي ثبت شده از ژن CP جدايه¬هاي ايراني و همچنين ژن HC-Pro از ساير جدايه¬هاي اين دو ويروس از بانك ژني NCBI براي طراحي سازه استفاده شد. بدين منظور توالي¬هاي دريافتي با استفاده از برنامه MEGA5 هم¬رديف سازي شد و مناطق حفاظت شده شناسايي شدند. 150 نوكلئوتيد از مناطق حفاظت شده هر يك از ژنهاي CP (از نوكلئوتيد شماره 567 تا 717 براي WMV و شماره 466 تا 616 براي ZYMV) و HC-Pro (از نوكلئوتيد شماره 1117 تا 1267 براي WMV و شماره 1046 تا 1196براي ZYMV) از دو ويروس به صورت مستقل انتخاب و پس از قرارگيري در كنار يكديگر يك توالي 600 نوكلئوتيدي به دست آمد. جهت بررسي عدم امكان خاموشي آر¬ان¬اي¬هاي ميزبان، توالي تركيبي با استفاده از اطلاعات سايت siRNA Scan مورد بررسي قرار گرفت. سپس پيش¬بيني امكان همسانه¬سازي آن در يك ناقل دوگانه مناسب با استفاده برنامه Vector NTI version 8.0 انجام شد. درنهايت امكان بيان ساختار آر ان اي سنجاق¬سري با استفاده از برنامه RNA structure و سايت RNAfold مورد ارزيابي قرار گرفت. نتايج مطالعات بيوانفورماتيكي اين پژوهش پيش¬بيني كرد كه قابليت بيان آر¬ان¬اي سنجاق¬سري پس از همسانه¬سازي در حامل مناسب و انتقال به كدوئيان در شرايط آزمايشگاهي وجود دارد.