پيش‌بيني شبكه تنظيمي مرتبط با كبد مرغ هاي تخم‌گذار در دوره تخم‌گذاري با استفاده از داده‌هاي RNA-seq و miRNA-seq

عملكرد تخم‌گذاري، يك ويژگي مهم اقتصادي در مرغ‌هاي تخم‌گذار مي‌باشد كه بسيار تحت تأثير فعاليت كبد قرار دارد. در تحقيق حاضر، با استفاده از داده‌هاي RNA-seq، miRNA-seq و فاكتورهاي رونويسي به صورت تلفيقي، شبكه تنظيمي ژن‌هاي درگير در كبد مرغ‌هاي تخم گذار در دوره تخم گذاري با استفاده از روش مبتني بر بيان بررسي شد. به طور كلي، 362 خوشه (شبكه) توسط نرم‌افزار لمون‌تري ترسيم گرديد. از اين تعداد 134 خوشه داراي تنظيم‌گر هستند. تعداد خوشه‌هاي داراي miRNA 91 و خوشه‌هاي داراي فاكتور رونويسي 107 عدد و خوشه‌هاي حاوي هر دو تنظيم‌گر 64 عدد مي باشند. 27 خوشه فقط داراي miRNA و 41 خوشه تنها توسط فاكتور رونويسي تنظيم مي‌گردد. در تحقيق حاضر، ژن‌ها و تنظيم‌گر‌ها مورد بررسي قرار گرفتند. بر اساس مطالعاتي كه قبلاً درباره‌ي اين ژن‌ها انجام شده بود، بيشتر ژ‌ن‌ها و تنظيم‌گرهاي اين خوشه‌ها در مسير متابوليسم ليپيد و كبد (به طور مستقيم و غير مسقيم) نقش داشتند.

Egg-laying performance is an important economic feature in laying hens, which is greatly influenced by liver activity. In the current research, using RNA-seq, miRNA-seq and transcription factors data in a consolidated manner, the regulatory network of genes involved in the liver of laying hens during the laying period was investigated using the expression-based method. In general, 362 clusters (networks) were drawn by Lemon-tree software. Of these, 134 clusters have regulators. There are 91 miRNA clusters, 107 transcription factor clusters, and 64 clusters containing both regulators. 27 clusters only have miRNA and 41 clusters are regulated only by transcription factor. In this research, genes and regulators were investigated. Based on the previous studies on these genes, most of the genes and regulators of these clusters were involved in lipid metabolism and liver (directly and indirectly).