تعيين مشخصات مولكولي و تبارزايي ويروئيد لكه زردي-1 مو (Grapevine yellow speckle viroid-1) از تاكستان¬هاي شمال¬غرب كشور

Identification, Molecularand Phylogenetic Analyses of Gr ap ev ine y ellowsp eck le v ir oid -1 from the Northwest RegionofIran

به ­منظور تعيين مشخصات مولكولي و بررسي ساختارهاي ثانويه ويروئيد لكه زردي- 1 مو، 137 نمونه از تاكستان­ه اي استان­ هاي اردبيل، آذربايجان­­­ شرقي و آذربايجان­ غربي جمع­آوري گرديد. اسيد نوكلئيك كل از بافت برگ نمونه ­ها استخراج و پس از ساخت دي­ان­اي مكمل با استفاده از آغازگر شش­نوكلئوتيدي تصادفي، طول كامل اين ويروئيد با روش پي­سي­آر و با استفاده از آغازگرهاي اختصاصي ويروئيد لكه زردي -1 مو، تكثير شد. محصول پي­سي­آر پس از همسانه­سازي در حامل pGEMT-easy، تعيين­توالي گرديد. نتايج نشان داد كه واريانت­هاي شناسايي­شده در اين تحقيق، داراي 367 يا 368 نوكلئوتيد هستند و در مجموع هفت واريانت جديد از اين ويروئيد تشخيص داده شد. درخت تبارزايي نشان داد كه واريانت 6 مشابه اعضاي تيپ يك اين ويروئيد و شش واريانت بعدي در كنار تعدادي جدايه و واريانت ديگر تشكيل يك تيپ جداگانه (به ­نام پيشنهادي تيپ 4) را مي ­دهند. در ساختار ثانويه واريانت­هاي به­دست­آمده در اين تحقيق، بيشترين تفاوت در منطقه متغير و قسمت انتهايي چپ قرار داشت. ويروئيد لكه زردي-1 مو براي اولين بار از استان­هاي آذربايجان­شرقي و اردبيل گزارش مي­ شود.

Totally, 137grapevines samples were collected from vineyards in East and West Azerbaijan and Ardabil provinces of Iran and tested for molecular characterization and studyon the secondary structure of Gr a pev ine y ellow speck le v ir oid-1 (GYSVd-1). Total nucleic acid was extracted from leaves and first-strand cDNA synthesized using random hexamer primer. PCR fragments corresponding to full length GYSVd-1 were amplified by the use of specific primers and cloned in pGEM-T-easy for sequencing. Results showed that the Iranian isolates were 367-368 nt in length, and accordingly seven new GYSVd-1 variants were identified. Phylogenetic analysis revealed that variant 6 was identical to the type 1 of GYSVd-1, whereas the other six variants together with some other isolates and variants of GYSVd-1 formed a distinct clad, which named as GYSVd-1 type 4. These variants were most different from other isolates in variable and left terminal domains of their secondary structure. This is the first report of grapevine infection with GYSVd-1 from Ardabil and East Azarbaijan provinces