تعيين تنوع ژنتيكي باكتري‎ها در شكمبه بز با استفاده از توالي يابي 16S rRNA

تنوع ژنتيكي جمعيت باكتريايي در شكمبه بز با استفاده از يك روش مولكولي و مستقل از كشت مورد بررسي قرار گرفت. به دليل شرايط منحصر به‎فرد تغذيه‎اي و زندگي، اين انتظار وجود دارد كه بزها داراي جمعيت باكتريايي متفاوتي نسبت به ساير نشخواركنندگان باشند. در نتيجه درك صحيح اين جمعيت ميكروبي در نژادهاي مختلف بز و بررسي تغييرات آن‎ها در پاسخ به رژيم‎هاي مختلف تغذيه‎اي و بررسي تنوع آن‎ها در زيستگاه‎هاي مختلف بسيار ضروري است. از اين رو فرآيند PCR و تعيين توالي كتابخانه كلون ژن 16S rRNA با استفاده از يك نمونه مخلوط حاصل از كل محتويات شكمبه مربوط به 12 بز بومي شمال ايران با استفاده از پرايمرهاي عمومي براي باكتري‎ها انجام پذيرفت. بزها از گله‎هاي پرواري تغذيه شده با خوراك مخلوط كنسانتره و علوفه انتخاب شدند. مجموعا 15 توالي 16S rRNA مورد آناليز قرار گرفت. از اين 15 توالي 4 توالي داراي شباهت با Streptococcus bovis بودند و 3 توالي با Selenomonas ruminantium همخواني داشتند. همچنين 2 توالي شبيه به Megasphera elsdenii بودند و 2 توالي ديگر با Prevotella ruminicola شباهت داشتند. 2 كلون نيز با باكتري‎هاي كشت نيافته شكمبه گاو شباهت داشتند. از اين 15 توالي يك توالي به Lactobacillus plantarum شبيه بود و يك توالي باقيمانده نيز داراي شباهت با Prevotella multiformis بود.اين تحقيق براي اولين بار تنوع مولكولي جمعيت باكتري‎ها را در شكمبه بزها در ايران مورد مطالعه قرار داد. بررسي نتايج اين تحقيق نشان داد كه اين حيوانات داراي جمعيت باكتريايي مشابه با ساير نشخواركنندگان در ساير نقاط دنيا مي‎باشند. هر چند كه ما توالي‎هايي را نيز جداسازي نموديم كه با ميكروارگانيسم‎هاي شناخته شده در دستگاه گوارش در يك خوشه قرار نمي‎گرفتند كه اين مساله مي‎تواند به علت اختلافات فردي در حيوانات ميزبان در حين نمونه گيري، نوع جيره، روش‎هاي استخراج DNA يا پرايمرهاي مورد استفاده براي PCR بوده باشد.