بررسي بيوانفورماتيك ميكرو RNA هاي مؤثر بر بيان ژن‌هاي دخيل در فرآيند ترميم و بازسازي بافت ماهي گورخري (Danio rerio)

بازسازي يك فرآيند درون‌زا است كه با ترميم كامل عملكرد بافت و اندام به اوج خود مي‌رسد. در حالي كه ظرفيت بازسازي در پستانداران محدود به بافت‌هاي خاصي است، مهره‌داران پست‌تر مانند ماهي گورخري توانايي بازسازي كل اندام‌ها و اكثر بافت‌هاي بالغ را دارند. ميكرو RNA ها، مولكول‌هاي كوچك غير كد شونده‌اي هستند كه از طريق كنترل بيان ژن‌هاي هدف، فرآيندهاي زيستي مختلف (مانند ترميم، تمايز و آپوپتوز) را تنظيم مي‌كنند. يك چالش مهم در مطالعه ميكرو RNA ها، شناسايي و پيش‌بيني ژن‌هايي است كه به‌وسيله اين مولكول‌هاي كوچك مورد هدف قرار مي‌گيرند. در سال‌هاي اخير روش‌هاي مختلفي مانند ريز آرايه، نورترن بلات و qRT-PCR جهت شناسايي ژن‌هاي هدف ميكرو RNA ها معرفي شده است اما هزينه بسيار زياد، استفاده از اين روش‌ها را محدود كرده است. با پيشرفت روش‌هاي محاسباتي و الگوريتم‌هاي بيوانفورماتيك مي‌توان ژن‌هاي هدف ميكرو RNA ها را با هزينه كمتري شناسايي و پيش‌بيني نمود. در اين مطالعه تلاش بر اين بود كه با يك رويكرد بيوانفورماتيك، ژن‌ها و ميكرو RNA هاي دخيل در فرآيند ترميم و بازسازي بافت‌هاي ماهي گورخري (Danio rerio) را با استفاده از نرم‌ افزارهاي پايگاه‌هاي اطلاعاتي Target Scan و DIANA شناسايي كنيم. نتايج نشان داد كه بيان ژن‌هاي Stat3, Dot1l, Pax6b, Smarca5, Mmp9, Cx43, Tnfb, Sox2, Ascl1a و Hspd1 با بيشترين احتمال ممكن است در فرآيند ترميم و باز‌سازي بافت‌هاي ماهي زبرا تحت تأثير ميكرو RNA هاي مختلف تنظيم شود. بنابراين، ژن‌هاي ياد شده جهت بررسي آزمايشگاهي ژن‌هاي دخيل در فرآيند ترميم و بازسازي بافت گونه مورد نظر مي‌توانند كانديداي مناسبي باشند.