بررسي ميزان تأثير اثرات ژنتيكي غالبيت بر صحت ارزيابي ژنومي

مقدمه و هدف: بررسي مقالات منتشر شده در حوزه انتخاب ژنومي نشان مي دهد كه در اكثر مطالعات انجام شده در گونه هاي دامي و زراعي ارزيابي ژنومي و پيش بيني ارزش هاي اصلاحي ژنومي بدون در نظر گرفتن اثرات ژنتيكي غالبيت انجام شده است. در صورتيكه مطالعاتي كه اخيرا انجام شده، نشان مي دهند كه اثرات ژنتيكي غالبيت به نحو قابل توجهي در تنوع فنوتيپي صفات توليدي دام هاي اهلي مشاركت دارند. از اين رو به نظر مي رسد چشم پوشي از اثرات ژنتيكي غالبيت صحت ارزيابي ژنومي را تحت تاثير قرار مي دهد. در اين مطالعه پيامدهاي در نظر نگرفتن اثرات ژنتيكي غالبيت در مدل ارزيابي ژنومي بر صحت، ميانگين مربعات خطا، اريبي و قابليت اعتماد ارزش هاي اصلاحي ژنومي بررسي شد. مواد و روش ها: ژنومي شامل 5 كروموزوم، هر كدام به طول يك مورگان و حاوي 5000 نشانگر تك نوكلئوتيدي دو آللي (SNP) در سطح وراثت‎پذيري 0/5 شبيه سازي شد. به همه جايگاه هاي صفات كمي (QTLها) اثرات ژنتيكي افزايشي داده شد. توزيع هاي متفاوت اثرات QTL (يكنواخت، نرمال و گاما) و نيز سه سناريو از تعدادQTL  به‌صورت 5، 10 و 20% از تعداد كل SNPها (به‌ترتيب 250، 500 و 1000 QTL) به‌صورت فرضيه هاي شبيه سازي در نظر گرفته شد. در سناريوهاي مختلف به صفر، 10، 25، 50 و 100% از QTLها اثرات غالبيت داده شد. ارزش هاي اصلاحي ژنومي با استفاده از روش بهترين پيش‎بيني نااريب خطي ژنومي (GBLUP) برآرود شده و شاخص هاي روش LR، شامل صحت پيش‎بيني، ميانگين مربعات خطاي پيش‎بيني، اريبي و قابليت اعتماد ارزش هاي اصلاحي براي تجزيه و تحليل ارزش هاي اصلاحي حاصل از GBLUP مورد استفاده قرار گرفتند. يافته ها: نتايج نشان داد در صورتيكه اثرات ژنتيك غالبيت در تنوع فنوتيپي صفت مشاركت داشته باشند اما در مدل ارزيابي ژنومي لحاظ نشده و به‌صورت تفكيك نشده از اثرات ژنتيكي افزايشي باقي بمانند، منجر به كاهش صحت ارزش هاي اصلاحي ژنومي تا حدود 25% خواهد شد. همچنين ميانگين مربعات خطاي پيش بيني ارزش هاي اصلاحي ژنومي نيز با افزايش درصد QTLهاي داراي اثر غالبيت (از 0/00 به 100%) تا 60% افزايش يافت. ميزان اريبي ارزش هاي اصلاحي ژنومي نيز تحت تاثير چشم پوشي از اثرات غالبيت قرار گرفت و با افزايش درصد QTLهاي داراي اثر غالبيت (از 0/00 به 100%) تا 36% افزايش يافت. در ضمن قابليت اعتماد ارزش هاي اصلاحي ژنومي نيز به‌طور چشمگيري با افزايش درصد QTLهاي داراي اثر غالبيت (از 00/00 به 100%) تا حدود 40% كاهش يافت. نتيجه‌گيري: به‌طوركلي نتايج اين تحقيق نشان داد كه عدم تفكيك اثرات ژنتيكي غالبيت از اثرات ژنتيكي افزايشي منجر به برآوردهاي با صحت پايين، اريب و غيرقابل اعتماد از ارزش هاي اصلاحي ژنومي مي شود كه در نهايت بازدهي انتخاب ژنومي را كاهش مي دهد. بنابراين پيشنهاد مي شود كه به‌منظور افزايش كارايي طرح هاي انتخاب ژنومي، اثرات غالبيت در مدل ارزيابي ژنومي منظور شود.