بررسي پروتئين‌هاي مهم در ايجاد عفونت به‌واسطه ويروس نيل غربي در سلول‌هاي رنگدانه‌دار شبكيه

مقدمه: ويروس نيل غربي عفونتي بوده كه از طريق بندپايان خونخوار منتقل مي‌شوند. تظاهرات چشمي يكي از ويژگي‌هاي عفونت ويروس نيل غربي است. آن‌ها بيشتر در ارتباط با بيماري عصبي شديد رخ مي‌دهند. در اين مطالعه با استفاده از آناليز بيوانفورماتيك به بررسي و كانديد نمودن ژن‌هاي موجود در مسيرهاي وابسته به عفونت ويروس نيل غربي در شبكيه چشم پرداختيم. روش بررسي: در اين مطالعه با استفاده از روش‌هاي بيوانفورماتيك و با مراجعه به پايگاه داده GEO ديتاست مناسب براي آناليز انتخاب گرديد. اين ديتاست شامل پروفايل بيان ژني در عفونت ويروس نيل غربي با سلول‌هاي رنگدانه‌اي شبكيه بود. كلاسترهاي ژني با بيان بالا و پايين دسته‌بندي شدند. براي ارزيابي دقيق‌تر داده از پايگاه‌هاي داده غني همچون Enrichr، STRING و Networkanalyst استفاده شد. ژن‌هاي كانديد شده را جدا نموديم و ارتباط پروتئيني آن با استفاده از نرم‌افزار cytoescape ورژن 3.7.1 سنجيده شد. مقادير به‌دست آمده كه P˂0.05 به عنوان داده‌هاي معني‌دار انتخاب شد. نتايج: 830 ژن با بيان بالا و 500 ژن با بيان پايين در مسيرهاي پيشرفت عفونت ويروسي نيل غربي در چشم نقش دارند. مسير‌هاي آپوپتوز، نكروپتوزيس، اتوفاژي AMPK و MAPK به‌صورت بارزي مشاهده شدند. پس از ارزيابي ارتباط بين شبكه‌هاي پروتئيني، RIPK1، STAT1/3 و JAK2 افزايش بيان و ژن‌هاي GSK3B، MAPK8 و TSC2 كاهش بيان داشتند. نتيجه‌گيري: مطالعه حاضر نشان داد كه پروتيئن‌ها و ژن‌هاي مهمي در تقويت التهاب ويروس نيل غربي در شبكيه چشم نقش عمده‌اي داشته كه از ميان آن‌ها RIPK1، TSC2، STAT1 و  JAK2 نقش بارزتري را در اين مسير نشان دادند.