بررسي تأثير داروي سيپروفلوكساسين بر ساختار پروتئين رودوپسين با استفاده از روش محاسباتي داكينگ مولكولي

مقدمه: آنتي‌‌بيوتيك سيپروفلوكساسين در درمان سميت شبكيۀ چشم يا رتينوپاتي استفاده مي‌‌شود. در اين مقاله، تأثير داروي سيپروفلوكساسين بر ساختار پروتئين رودوپسين و پايداري و يا ناپايداري اين پروتئين در حضور دارو بررسي مي‌گردد. نوع پيوند دارو و پروتئين روي دفع و يا برهم‌كنش دارو با بافت‌‌هاي هدف مؤثر است.مواد و روش ها: در اين پژوهش، با استفاده از نرم‌افزار داكينگ‌‌ مي‌‌توان به مؤلفه‌‌هاي ترموديناميكي در برهم‌كنش‌‌هاي پروتئين رودوپسين با داروي سيپروفلوكساسين دست يافت. مطالعات داكينگ بهوسيلۀ نرم‌افزار AutoDock vol.4.2  انجام گرفت. به‌منظور مشاهدۀ داكينگ انجام‌شده، از نرم‌افزارهاي گرافيكي Pymol و Ligplot و VMD استفاده شد.يافته هاي پژوهش: بر اساس نتايج به‌دست‌آمده از مطالعات داكينگ، مهم‌ترين پيوند درگير در اتصال داروي سيپروفلوكساسين با پروتئين رودوپسين، اتصالات هيدروفوب و پيوند هيدروژني است. برآورد انرژي‌هاي آزاد گيبس (kcal/mol) براي بهترين مدل داكينگ برابر با 6.5- است. اين مدل با پايين‌ترين سطح انرژي اتصال، بيشترين تمايل براي اتصال به آمينواسيدهاي رودوپسين دارد و مقادير منفي ΔG°نشان‌دهندۀ يك فرايند خودبه‌خودي است.بحث و نتيجه‌گيري: بر اساس نتايج به‌دست‌آمده از داكينگ، جايگاه A پروتئين رودوپسين جايگاه مناسبي براي اتصال سيپروفلوكساسين به اين پروتئين است و كمپلكس سيپروفلوكساسين با پروتئين رودوپسين مي‌تواند سبب بازسازي رودوپسين شود تا بتواند فرايند ديدن را به‌طور معمول آغاز كند. درواقع، پيوند هيدروژني قوي ميان اتم نيتروژن موجود در ساختار سيپروفلوكساسين با اسيدآمينۀ آرژنين، نقش مهمي در تثبيت و پايدارسازي كمپلكس ايفا مي‌نمايد.