بررسي بيوانفورماتيكي پروتئين (SQS) در پروكاريوت‌ها و يوكاريوت‌ها

اسكوالن يك تري‌ترپن غير اشباع با كاربردهاي گسترده در داروسازي است. در اين تحقيق توليد اسكوالن و بررسي بيوانفورماتيكي آن در چهار گونه‌ يوكاريوت تك‌سلولي و پرسلولي و پروكاريوت به منظور تفاوت اين ژن در يوكاريوت‌ها و پروكاريوت ها مورد بررسي قرار گرفت. نتايج آناليز فيلوژنتيكي نشان داد كه جلبك به عنوان يوكاريوت پرسلولي، مخمر به عنوان يوكاريوت تك‌سلولي و باكتري به عنوان پروكاريوت تك‌سلولي در يك گروه و گياه در گروه مجزا قرار گرفت. درصد GC پروتئين SQS توسط GC Content Calculator و همچنين شاخص آليفاتيك و شاخص ناپايداري توسط protparam بررسي شد. نتايج نشان داد كه ژن SQS در دامنه‌اي از ناپايداري تا پايدار قرار دارد. آناليز وجود توالي‌هاي سيگنال و آناليز رهگيري محل استقرار نهايي پروتئين نشان داد كه احتمال انتقال پروتئين SQS به ميتوكندري، كلروپلاست و مسير ترشحي بسيار پايين است و جزء پروتئين‌هاي سيگنال نيست. همچنين در گياه Gymnema sylvestre مشخص شد كه اين پروتئين داراي سه دومين حافظت شده است. مقايسه‌ي ساختار ثانويه‌ پروتئين وجود صفحات آلفا را تاييد كرد. مدل‌سازي سه بعدي اين پروتئين در گياه به روش همولوژي مدلينگ و با استفاده از پايگاه داده Swiss Model پس از انتخاب الگوي مناسب با ميزان شباهت بالا كه از پايگاه داده‌ي PDB استخراج شد، انجام گرفت. جهت اعتبارسنجي ساختاري مدل ترسيم شده سه‌بعدي و آناليز استرئوشيميايي، نمودار راماچاندران ترسيم و زواياي دي‌هيدرال محاسبه شدند. نتايج ارزيابي كيفيت ساختاري نشان داد كه مدل‌هاي پيشنهادي داراي كيفيت و پايداري مناسبي مي‌باشند. مطالعه‌ ساختار پروتئين مي‌تواند به درك عملكرد پروتئين كمك كند و بررسي جزئيات ساختار آن مي‌تواند در مطالعات جايگاه فعال پروتئين و داكينگ سودمند باشد.