شناسايي ميكرو ‏RNA‏ها‎ ‎و‎ ‎ژن‌هاي هدف مرتبط در ترانسكريپتوم گياه ‎ ‎Camelina sativa L.

ميكرو RNA ها (miRNAs) دسته‌اي از مولكول‌هاي ريز RNA، غير كدكننده‌ي درون‌زا، با طولي بين 24-19 نوكلئوتيد هستند كه ژن‌هاي هدف را در سطح پس از رونويسي در گياهان كنترل مي‌كنند. در اين مطالعه تعدادي از ميكرو RNA هاي موجود در گياه كاملينا با استفاده از داده‌هاي حاصل از توالي‌يابي RNA شناسايي و معرفي شدند. گياه كاملينا با نام علمي (Camelina Sativa L.) گياهي روغني- دارويي و متعلق به خانواده‌ي شب‌بوئيان (Brassicaceae) است. در ابتدا استخراج RNA از بافت برگ گياه صورت گرفت و RNA استخراج شده جهت توالي‌يابي ارسال شد. داده‌ها پس از حذف خوانش‌هاي با كيفيت پايين‌تر از سطح آستانه و نيز پيرايش آن‌ها، با نرم‌افزار Trinity به صورت denovo سر‌هم‌بندي شدند. سپس شناسايي ميكرو RNA ها با نرم‌افزار miRDeep2 انجام شد. با استفاده از داده‌هاي ترنسكريپتوم گياه و توالي‌هاي ميكرو RNA هاي شناخته‌شده در ساير گياهان تعداد 33 ميكرو RNA شناسايي و ژن‌هاي هدف آن‌ها با استفاده از برنامه‌ي psRNAtarget مشخص شدند. بررسي ژن‌هاي هدف نشان داد كه در مجموع 1415 ژن توسط اين ميكرو RNA ها، تنظيم مي ‌شوند كه متعلق به چندين خانواده‌ي ژني با عملكردهاي زيستي متفاوت از جمله ژن‌هاي پروتئين‌هاي متصل شونده به پروموتور Squamusa، خانواده‌ي پروتئين كيناز و ... هستند. مقايسه‌ي بيان ژن‌هاي حامل ميكرو RNA در دو لاين دابلدهاپلوئيد مورد مطالعه، نشان داد كه به غير از miR296 و miR474 كه در لاين شماره‌ي 1 بيان بيشتري داشتند، بقيه ميكرو RNA ها در لاين شماره‌ي 2 بيان بالاتري داشتند. اين موضوع با توجه به پايين‌تر بودن ميزان توليد روغن در لاين شماره‌ي 1 نسبت به لاين شماره‌ي 2 نشان‌دهنده‌ي ارتباط اين دو ميكروRNA با توليد روغن است.miR483 در هيچ كدام از لاين‌ها بيان نداشت. miR113 و miR206 بالاترين ميزان بيان را در بين همه ميكرو RNA ها داشتند. بيان بالاتر ميكرو RNA ها در لاين 2 احتمالاً نشانگر فعاليت بالاتر مكانيسم خاموشي در سطح رونويسي براي ژن‌هاي هدف در اين لاين نسبت به لاين شماره‌ي 1 مي‌باشد.