شناسايي و تجزيه و تحليل ‏miRNAs‏ در گونه‌هاي مختلف آويشن ‏

امروزه گياهان دارويي به دليل دارا بودن متابوليت‌هاي مؤثر، در درمان بسياري از بيماري‌ها مورد توجه و استفاده همگان قرار گرفته‌اند. يكي از اين گياهان آويشن است كه حاوي گستره وسيعي از متابوليت‌هاي ثانويه مانند ترپن‌ها مي‌باشد. روش‌هاي مختلفي براي افزايش اين مواد ابداع‌ شده است. در روش‌هاي كلاسيك از تغيير عوامل محيطي جهت افزايش توليد ماده مؤثره استفاده مي‌گردد. در حالي كه در روش‌هاي نوين از دست‌ورزي‌هاي ژنتيكي كه بازده بالاتري نيز دارند بهره گرفته مي‌شود. از جمله اين رويكرد‌ها استفاده از نقش و عملكرد miRNAs مي‌باشد. اين RNAs بيان ژن را پس از رونويسي از طريق تجزيه mRNAs يا مهار ترجمه آن‌ها كنترل كرده و نقش‌هاي متنوعي را در فرآيندهاي بيولوژيكي و متابوليكي در گياهان و جانوران بازي مي‌كنند. روش‌هاي متعددي براي شناسايي miRNAs موجود مي‌باشد كه يكي از ساده‌ترين و كم‌هزينه‌ترين آن‌ها، استفاده از ابزارها و روش‌هاي بيوانفورماتيكي است. لذا به منظور شناسايي miRNAs متمايز در گونه‌هاي مختلف آويشن، مطالعه‌اي مبتني بر جستجوي همولوژي با استفاده از اطلاعات ترانسكريپتومي گياه آويشن انجام گرفت. ابتدا اين اطلاعات پالايش و سپس همرديفي در برابر تمام miRNAs شناخته‌شده موجود در بانك اطلاعاتي miRBase انجام شد. بعد از غربالگري نتايج بر اساس شاخص‌هايي همچون طول و سطح e-value ساختار ثانويه miRNAs با ابزار UNAfold مورد بررسي قرار گرفت. شناسايي ژن‌هاي هدف با استفاده از ابزار psRNATARGET و بررسي روابط فيلوژنتيكي به روش حداكثر احتمال و ابزار RaxML انجام شد. در مجموع ۶۴ miRNAs كانديد متمايز در گونه‌هاي مختلف آويشن شناسايي شدند كه از اين تعداد ۱۴ عدد در مسير‌ سنتز ترپن‌ها قرار داشتند. از مهم‌ترين اين miRNAs مي‌توان به miR172 و miR396 اشاره كرد كه در مطالعات پيشين نقش آن‌ها در مسير سنتز ترپنوئيدها به اثبات رسيده است. درخت فيلوژنتيك توانست ارتباط ميان miRNAs در گونه‌هاي مختلف را به خوبي نشان دهد.