بررسي مولكولي و فيلوژنتيكي جدايه‌هاي جنس Rhizopus بر اساس منطقه ITS و مناطق D1-D2 از DNA ريبوزومي

MOLECULAR AND PHYLOGENETIC ANALYSIS OF RHIZOPUS ISOLATES BASED ON It’s REGION AND D1-D2 REGIONS OF rDNA

سي و هفت جدايه از جنس Rhizopus به دست آمده از ميزبان‌هاي مختلف در استان‌هاي تهران، آذربايجان غربي، يزد و كردستان جهت مطالعات تاكسونوميكي مورد بررسي قرار گرفتند. منطقه ITS شامل ژن 5.8S و مناطق D1-D2 مربوط به DNA ريبوزومي با استفاده از جفت آغازگرهاي ITS1/NL4 تكثير شدند. محصولات تكثير شده توسط PCR با استفاده از آنزيم هاي برشي HaeIII، RsaI، HinfI و MspI مورد هضم آنزيمي قرار گرفتند و هفت جدايه نماينده، انتخاب شده و توالي يابي شدند. توالي هاي به دست آمده با 23 توالي از بانك ژن مقايسه شدند. براساس آناليز فيلوژنتيك و محاسبه فاصله ژنتيكي جدايه‌هاي Rhizopus در سه گروه قرار گرفتند. بر اساس نتايج به دست آمده، سه گونه شناسايي شد: R. lyococcus، R. stolonifer var. stolonifer و R. oryzae. گونه R. lyococcus براي نخستين بار از ايران گزارش مي‌شود. هر سه گونه شناسايي شده براي اولين بار از ميزبان هاي هلو، شليل، زردآلو، توت‌فرنگي، طالبي، خرمالو، آفتاب‌گردان و گوجه فرنگي از ايران جداسازي شده اند و گونه R. stolonifer var. stolonifer براي اولين بار از روي شليل از دنيا گزارش مي‌شود. در اين تحقيق نشان داده شد كه مناطق D2-D1 از بخش LSU در DNA ريبوزومي نسبت به منطقه ITS در فيلوژني اين جنس مناسب‌تر است.

For taxonomic studies, 37 isolates of the genus Rhizopus obtained from various hosts in Tehran and west Azarbaijan provinces were investigated. Internal transcribed spacer (ITS) region and D1-D2 regions of the large subunit ribosomal DNA were amplified using ITS1/NL4 primer pair. Amplified products were digested with four restriction endonucleases HaeIII, RsaI, HinfI and MspI and seven representative isolates were selected and sequenced. These and 23 isolates from GenBank were analyzed to determine their phylogenetic relationship. In contrast to the extreme variation of the ITS region and D1/D2 regions of LSU rDNA proved to be valuable in the phylogeny of the genus Rhizopus. Based on the results, 37 isolates were divided into three groups, R. lyococcus, R. stolonifer and R. oryzae. R. lyococcus is a new record for Iran which is the first report of R. stolonifer on nectarines and R. oryzae on persimmons and nectarines. R. stolonifer on nectarines is a new record for the world.