مطالعه فيلوژنتيكي سويه‌هاي يوروپاتوژنيك اشريشياكلاي در منطقه سيستان

The phylogenetic study of Uropathogenic Escherichia coli strains in Sistan of Iran

زمينه و هدف: سويه‌هاي اشريشياكلاي ايجادكننده عفونت‌هاي دستگاه ادراري، داراي تعداد زيادي از ژن‌هاي كدكننده فاكتورهاي حدّت مي‌باشند. اطلاعات كمي در مورد گروه‌‌هاي فيلوژنتيكي، نوع و چگونگي عمل فاكتورهاي بيماري‌زا در اشريشياكلاي مولّد عفونت‌هاي ادراري در مناطق مختلف ايران وجود دارد. در اين مطالعه، الگوي فيلوژنتيكي و فراواني فاكتورهاي ويرولانس در سويه‌هاي اشريشياكلاي جداشده از بيماران مبتلا به عفونت‌هاي ادراري، به روش Multiplex-PCR مورد بررسي قرار گرفت. روش تحقيق: در اين مطالعه مقطعي- توصيفي، تعداد 100 ايزوله اشريشياكلاي، از بيماران مبتلا به عفونت ادراري در فاصله زماني بهمن 1391 تا مرداد 1392 جمع‌آوري گرديد. ايزوله‌ها به روش آزمايش‌هاي مورفولوژيك و بيوشيميايي رايج، مورد تاييد قرار گرفتند. DNA ژنومي ايزوله‌ها، به روش جوشاندن استخراج شد. تعيين فراواني ژن‌هاي بيماري‌زا و الگوي گروه‌هاي فيلوژنتيكي، با استفاده از روش Multiplex-PCR انجام گرديد. نتايج با استفاده از آزمون دقيق فيشر، مورد تجزيه و تحليل قرار گرفت. يافته‌ها: ميزان شيوع ژن‌هاي cnf1، iha، irp2 و ompT به‌ترتيب: 28%، 29%، 89% و 67% تعيين گرديد؛ همچنين توزيع گروه‌هاي فيلوژني A، B1، B2 و D در بين ايزوله‌هاي جداشده به‌ترتيب: 17%، 6%، 55% و 22% بود. به‌طور كلي، فراواني ژن‌هاي كدكننده فاكتورهاي ويرولانس به‌ترتيب به ميزان 96%، 66%، 61% و 79% در ايزوله‌هاي گروه B2 مشاهده شد. نتيجه‌گيري: در اين مطالعه مشخص شد كه سويه‌هاي متعلّق به گروه B2، فراوان‌ترين و حامل بيشترين ژن‌هاي بيماري‌زا مي‌باشند؛ بنابراين مي‌توانند در عفونت ادراري، نقش موثّرتري را نسبت به ساير گروه‌هاي فيلوژني ايفا نمايند.

Background and Aim: Uropathogenic Escherichia coli (UPEC) strains are a causative agent in most of the urinary tract infections (UTIs), which constitute a multitude of virulence factors. There is little information about phylogenetic group distribution, types, and their virulence factors in Uropathogenic Escherichia coli (UPEC) in different areas of Iran. In the present study, the phylogenic pattern and prevalence of four known uropathogenic virulent factors were identified by means of multiplex-PCR. Materials and Methods: In this cross-sectional study, one hundred E. coli isolates were collected from patients with urinary tract infection in zabol during. January - August 2013- and the isolates were verified using conventional biochemical and morphologic tests. DNA of all isolates was extracted by means of boiling method. The prevalence of virulent genes and phylogenetic groups was determined employing Multiplex-PCR. Finally, the obtained data was analyzed using Fisherʹs exact test. Results: Prevalence of cnf1, iha, irp2 and ompT genes were 28%, 29%, 89%, and 67%, respectively. Furthermore, the distribution of A, B1, B2 and D phylogenetic groups were 17%, 6%, 55% and 22%, respectively. Overall, virulent genes were more prevalent (96%, 66%, 61% and 79% respectively) in groups B2 isolates. Conclusion: It was found that UPEC isolates largely belong to phylogenetic group B2, which carry the most frequent and number of virulent genes. Therefore, they can play a more effective role in the occurrence of UTI compared to other phylogenetic groups.