تجزيه ترانسكريپتوم كلاله زعفران زراعي (Crocus sativus L.) با استفاده از نرم افزارهاي SOAPdenovo و Trinity

زعفران (Crocus sativus L.)، ارزشمندترين و محبوب­ترين ادويه جهاني، گونه­اي تريپلوئيد از خانواده Iridaceae مي­باشد. اين گونه با كلاله هاي قرمز، بلند و معطر، از ساير گونه هاي اين خانواده متمايز است. با پيشرفت­هاي سريع بوجود آمده در نسل دوم توالي­يابي، توالي­يابي RNA (RNAseq.) ابزار قدرتمندتر و ارزان­تري در مطالعات ترانسكريپتوم شده است. گردآوري مجدد توالي­هاي ترانسكريپتوم، راه حل مناسبي براي مطالعه ترانسكريپتوم موجوداتي است كه توالي ژنوم آن­ها در دسترس نيست. توالي­يابي دقيق و مونتاژ قابل اعتماد در داده­هاي ترانسكريپتوم، براي آناليزهاي پايين­دست ضروري مي­باشد. در اين مطالعه با جداسازي و تعيين توالي ترانسكريپتوم كلاله زعفران زراعي با استفاده از نسل دوم توالي­يابي نتايج عملكرد تجزيه و تحليل داده ها بوسيله دو نرم افزار پركاربرد به نام­هاي SOAPdenovo و Trinity مقايسه شد. نتايج اين پژوهش نشان داد كه ميانگين طول توالي­ها و تعداد يوني­ژن­هاي بدست آمده در Trinity بيشتر از SOAPdenovo مي­باشد (ميانگين 689 براي Trinity و 624 براي SOAPdenovo). نتايج مونتاژ بهتر توسط مونتاژگر مناسب وقتي به پروتئين ترجمه مي­شود منجر به افزايش معني­داري در تعداد ركوردهاي به­دست آمده در پايگاه­هاي اطلاعاتي مي­شود و تعداد بيشتر يوني­ژن امكان شناسايي مسيرهاي بيوسنتزي متابوليت­هاي مهم بيشتري را فراهم مي­كند. يوني­ژن­هاي مونتاژ شده در Trinity فاقد فاصله بوده و ميانگين آن حدود دو برابر يوني­ژن­هاي مونتاژ شده بوسيله SOAPdenovo بود. به­طور كلي انتخاب ابزار و پارامترهاي مناسب براي مونتاژ ترانسكريپتوم بدون درك كاملي از عملكرد ابزارهاي مختلف و تنظيمات آن­ها كار مشكلي است. با مقايسه عملكرد نرم افزارهاي مختلف بر روي موجودات مختلف مي­توان توصيه­هايي در زمينه استفاده از آن­ها ارائه داد و نرم افزار مناسب­تر را انتخاب كرد.