Genotyping of Chlamydia trachomatis from endocervical specimens in Shiraz, Iran

هدف از مطالعه حاضر تعيين فراواني ژنوتيپ‌هاي کلاميديا تراکوماتيس در شيراز بوده است. در اين مطاله تعداد 212 نمونه اندوسرويکال از زنان مراجعه کننده به درمانگاه مطهري شيراز مورد بررسي قرار گرفت. تشخيص اوليه کلاميديا تراکوماتيس در اين نمونه‌ها با انجام PCR بر روي ژن پلاسميدي صورت گرفت. ژنوتيپ باکتري در موارد مثبت، با انجام PCR بر روي ناحيه VD1-VD2 ژن omp1 و تعيين توالي آن مشخص گرديد. نتايج بيانگر فراواني کلاميديا تراکوماتيس به ميزان 8% بود. فراواني ژنوتيپ‌ها به ترتيب مربوط به ژنوتيپ‌هاي F (6/46%)، E (3/33%) و D (3/13%) بود. ژنوتيپ G تنها در يک نمونه شناسايي گرديد. مقايسه توالي نوکلئوتيدي ژنوتيپ‌هاي شناسايي شده با توالي سويه‌هاي مرجع در GenBank بيانگر وجود تفاوت نوکلئوتيدي در 4 ژنوتيپ بود. يافته‌هاي حاصل از مطالعه حاضر به عنوان بخشي از مطالعات اپيدميولوژيک به منظور تعيين فراواني ژنوتيپ‌هاي کلاميديا تراکوماتيس در ايران حائز اهميت است.

The objective of this study was to determine the prevalence and distribution of Chlamydia trachomatis genotypes in Shiraz, Iran. Two hundred twelve cervical swab samples were collected from women attending Shahid Motahari Polyclinic in Shiraz, Iran. The endocervical specimens were screened for C. trachomatis by plasmid PCR. Genotyping was performed in C. trachomatis-positive samples by nested PCR amplification and sequencing of 571 fragment encompassing VD1 and VD2 of omp1 gene. The overall prevalence rate of C. trachomatis in endocervical specimens determined by plasmid nested PCR was 8%. The deduced serovars found, in descending order of prevalence, were F (46.6%), E (33.3%), and D (13.3%), and serovar G was found in a single sample. Sequence mutation analysis by BLAST search against GenBank reference sequences identified 4 genetic variants. This study can be considered a contribution to increasing knowledge on C. trachomatis genotype distribution and sequence variations within each genotype in Shiraz. Further studies are needed to better define molecular epidemiology of C. trachomatis serovars and to investigate its genotype variations in Iran.