The Comparison of Biochemical and Sequencing 16S rDNA Gene Methods to Identify Nontuberculous Mycobacteria

شناسايي مايكوباكتريوم تا سطح گونه داراي اهميت پزشكي فراواني دارد. تست هاي بيوشيميايي پر زحمت و وقت گير است، بنابر اين تكنيك هاي جديد مي تواند براي شناسايي گونه مورد استفاده قرار گيرد. اين تحقيق به منظور مقايسه روش هاي بيوشيميايي و تعيين توالي ژن 16S rDNA براي شناسايي مايكوباكتريوم هاي غير توبركلوزي در بيماران مشكوك به سل در استان گلستان كه از شايع ترين مناطق بيماري سل در ايران مي باشد، انجام شده است. از بين 3336 بيمار مراجعه كننده به بيمارستان ها و مراكز بهداشت استان گلستان 1389-1390 ، تعداد 319 مورد (9.56 درصد) كشت مثبت جمع آوري شد. شناسايي گونه ها ابتدا با روش بيوشيميايي انجام شد. بر روي نمونه هايي كه به عنوان مايكوباكتريوم غيرتوبركلوزي شناسايي شد، پس از استخراج DNA توسط روش جوشاندن، واكنش زنجيره اي پليمراز ژن 16S rDNA انجام شد و پس از تعيين توالي، سپس تعيين گونه توسط بلاست انجام شد. از 319 مورد كشت مثبت در استان گلستان، 19 مورد (5.01 درصد) توسط روش بيوشيميايي به عنوان مايكوباكتريوم غيرتوبركلوزي و 300 مورد به عنوان مايكوباكتريوم توبركلوزيس شناخته شدند. شناسايي گونه در 15 مورد از 19 مورد، با روش هاي بيوشيميايي و مولكولي با يكديگر مطابقت داشته (78.9 درصد تشابه) است. اما بعد از تعيين توالي در يك مورد مايكوباكتريوم سيميه به عنوان مايكوباكتريوم لنتي فلاووم و در 3 مورد نوكارديا شناسايي شد. تست هاي بيوشيميايي در 78.9% با روش مولكولي مطابقت داشته است. با اين شناسايي مايكوباكتريوم لنتي فلاووم و نوكارديا توسط روش مولكولي بهتر انجام مي شود.

The identification of Mycobacteria in the species level has great medical importance. Biochemical tests are laborious and time-consuming, so new techniques could be used to identify the species. This research aimed to the comparison of biochemical and sequencing 16S rDNA gene methods to identify nontuberculous Mycobacteria in patients suspected to tuberculosis in Golestan province which is the most prevalent region of tuberculosis in Iran. Among 3336 patients suspected to tuberculosis referred to hospitals and health care centres in Golestan province during 2010-2011, 319 (9.56%) culture positive cases were collected. Identification of species by using biochemical tests was done. On the samples recognized as nontuberculous Mycobacteria, after DNA extraction by boiling, 16S rDNA PCR was done and their sequencing were identified by NCBI BLAST. Of the 319 positive samples in Golestan Province, 300 cases were M.tuberculosis and 19 cases (5.01%) were identified as nontuberculous Mycobacteria by biochemical tests. 15 out of 19 nontuberculous Mycobacteria were identified by PCR and sequencing method as similar by biochemical methods (similarity rate: 78.9%). But after PCR, 1 case known as M.simiae by biochemical test was identified as M. lentiflavum and 3 other cases were identified as Nocardia. Biochemical methods corresponded to the 16S rDNA PCR and sequencing in 78.9% of cases. However, in identification of M. lentiflavum and Nocaria sp. the molecular method is better than biochemical methods.