Author/Authors :
Alizadeh، Mohammad نويسنده Department of Agronomy and Plant Breeding, Faculty of Agricultural Sciences, University of Guilan, Rasht, Iran , , Aalami، Ali نويسنده Department of Agronomy and Plant Breeding, Faculty of Agricultural Sciences, University of Guilan, Rasht, Iran , , Shirzadian-Khorramabad، Reza نويسنده Department of Plant Biotechnology, Faculty of Agricultural Sciences, University of Guilan, Rasht, Iran , , Ebadi، Ali-Akbar نويسنده Rice Research Institute of Iran, Rasht, Iran , , Azizi، Heydar نويسنده Department of Agronomy and Plant Breeding, Faculty of Agricultural Sciences, University of Guilan, Rasht, Iran ,
Abstract :
شناسايي مكان هاي ژنومي دخيل در كنترل صفات كمّي در اصلاح مولكولي گياهان روز به روز در كانون توجه بيشتري قرار مي گيرند. مطالعه حاضر به منظور ارزيابي تنوع ژنتيكي بين 48 ژنوتيپ برنج و تعيين مناطق ژنومي مرتبط با 10 صفت مهم مربوط به دانه انجام گرفت. در كل تعداد 63 آلل با استفاده از 18 نشانگر SSR انتخاب شده از كروموزوم هاي مختلف با ميانگين 5/3 آلل براي هر نشانگر آشكارسازي شد. روش مبتني بر مدل بيزين با در نظر گرفتن حداكثر مقدار ?K، 48 ژنوتيپ مورد ارزيابي را در سه زير گروه اصلي تقسيم-بندي كرد. ميانگين مقدار r2 براي كليه جفت مكان هاي روي كروموزوم هاي مشابه، 053/0 بود. در كل 38 ارتباط نشانگر-صفت معني دار (P < 0.05) شناسايي شد كه بيشتر از 32 درصد كل تغييرات را توجيه نمودند. نشانگرهاي RM315، RM3428، RM289، RM16، RM574 و RM156 به ترتيب داراي بيشترين مقدار R2 و بنابراين مرتبط ترين نشانگرها با صفات مورد ارزيابي بودند. يافته هاي حاصل از اين مطالعه ارتباط خصوصيات دانه در برنج را با برخي از نشانگرهاي SSR آشكار نمود كه مي توانند به عنوان مكان هاي ژنومي هدف براي تحقيقات بيشتر مانند گزينش به كمك نشانگر، نقشه يابي دقيق و كشف ژن هاي كانديد در برنامه هاي اصلاح برنج بكار گرفته شوند.
Abstract :
The identification of genomic loci involved in control of quantitative traits receives growing attention in plant molecular breeding. The present study was carried out to evaluate the genetic variability among 48 rice genotypes and determine the genomic regions associated with ten grain related important traits. A total number of 63 alleles were detected by 18 selected SSR markers from different chromosomes with an average of 3.5 alleles per marker. A model-based Bayesian approach subdivided 48 evaluated rice genotypes into three major subgroups with the consideration of the highest value of ?K. The mean r2 value for all loci pairs on the same chromosome was 0.053. A total of 38 significant marker-trait associations were identified (P < 0.05) that explaining more than 32% of the total variation. RM315, RM3428, RM289, RM16, RM574 and RM156 markers had highest R2 and most association with assayed traits, respectively. The findings of this study revealed association of grain properties in rice with some SSR markers that could serve as target genomic regions for further research such as MAS, fine mapping and candidate gene discovery in rice breeding programs.
