فيلوژني مولكولي برخي گونه‌هاي پرندگان با استفاده از آناليز توالي ژن سيتوكروم b

شناسايي و تفريق واقعي گونه‌هاي پرندگان گام حياتي در مداخلات محافظه‌ كارانه، تاكسونوميك، قانوني، حقوقي، و ساير مداخلات مربوط به پرنده شناسي است. از اينرو، اين مطالعه كاربرد روش مولكولي جهت شناسايي برخي گونه‌هاي پرندگان از قبيل ماكيان (Gallus gallus)، اردك روسي (Cairina moschata)، بلدرچين ژاپني (Coturnix japonica)، قمري خانگي (Streptopelia senegalensis) و كبوتر راك (Columba livia) را در بر داشت. DNA ژنومي از نمونه‌هاي خون استخراج شد و بخشي از توالي ژن سيتوكروم b ميتوكندري (bp 358) تقويت و با استفاده از پرايمرهاي يونيورسال توالي يابي شدند. مسير توالي‌ها و آناليزهاي فيلوژني توسط برنامه workbench اصلي CLC انجام گرفت. پنج توالي به دست آمده در بانك ژن رسوب يافتند و با توالي‌هاي قبلاً ثبت شده در بانك ژن مقايسه شدند. درصد شباهت بين Gallus gallus و Coturnix japonica 60/88%، بين Gallus gallus و Columba livia 46/80% بود. درصد شناسايي بين گونه‌هاي مورد مطالعه و گونه‌هاي بانك ژن در محدوده 20/77% Columba oenas) و (Anas platyrhynchos تا 100% Gallus gallus) و Gallus sonneratii، Coturnix coturnix و Coturnix japonica، Meleagris gallopavo و (Columba livia بود. ثابت گرديد كه تقويت توالي جزيي ژن سيتوكروم b ميتوكندري به طور مشخص براي شناسايي گونه‌هاي پرندگان قابل استفاده است.

Veritable identification and differentiation of avian species is a vital step in conservative, taxonomic, forensic, legal and other ornithological interventions. Therefore, this study involved the application of molecular approach to identify some avian species i.e. Chicken (Gallus gallus), Muskovy duck (Cairina moschata), Japanese quail (Coturnix japonica), Laughing dove (Streptopelia senegalensis), and Rock pigeon (Columba livia). Genomic DNA was extracted from blood sles and partial sequence of themitochondrial cytochrome b gene (358 bp) was lified and sequenced using universal primers. Sequences alignment and phylogenetic analyses were performed by CLC main workbench program. The obtained five sequences were deposited in GenBank and compared with those previously registered in GenBank. The similarity percentage was 88.60% between Gallus gallus and Coturnix japonica and 80.46% between Gallus gallus and Columba livia. The percentage of identity between the studied species and GenBank species ranged from 77.20% (Columba oenas and Anas platyrhynchos) to 100% (Gallus gallus and Gallus sonneratii, Coturnix coturnix and Coturnix japonica, Meleagris gallopavo and Columba livia). Amplification of the partial sequence of mitochondrial cytochrome b gene proved to be practical for identification of an avian species unambiguously.