تنوع ژنتيكي و آناليز فيلوژنتيكي زنجيره سبك ايمونوگلوبولينY در مرغهاي بومي خراسان

ايمنوگلوبولينY كه همولوگ ايمونوگلوبولين G در پستانداران مي باشد، داراي 4 زنجيره پلي پپتيدي حاوي دو زنجيره سبك و دو زنجيره سنگين است. شاخه سبك ايمونوگلوبولينY درپرندگان يك ناحيه متغير و يك ناحيه ثابت را دارا مي باشد. ساختمان ناحيه ثابت مشخصه يك كلاس يا زير كلاس ايمونوگلوبولين ها و ناحيه متغيير مخصوصا قطعات CDR بيشترين نقش را در متصل شدن با انتي ژن دارند. هدف از اين مطالعه بررسي تنوع ژنتيكي و آناليز فيلوژنتيكي ژن هاي كد كننده شاخه سبك ايمونوگلوبولين Y در مرغ هاي بومي خراسان در سطح mRNA مي باشد. بدين منظور 20 نمونه طحال از مرغ هاي غير خويشاوند بومي خراسان جمع آوري شد. پس از استخراج mRNA و توليد cDNA از طريق رونويسي معكوس، تكثير قطعه 764 جفت بازي زنجيره سبك IgY توسط آغازگرهاي اختصاصي و با استفاده از واكنش زنجيره اي پلي مراز انجام پذيرفت. بعد از توالي يابي، بررسي جهش ها در نواحي متغيير و ثابت انجام پذيرفت. نتايج حاكي از اين بود كه نواحي CDR3 داراي بيشترين تنوع و نواحي C كمترين تنوع را داشتند. همچنين نتايج آناليز فيلوژنتيكي نشان داد، كه مرغ بومي خراسان از نظر ژن كد كننده شاخه سبك ايمونوگلوبولينY در بين گونه هايي كه داراي اين نوع ايمونوگلوبولين هستند كمترين فاصله ژنتيكي را با مرغ لگهورن سفيد و مرغ لگهورن فرانسه دارد. همچنين بررسي اسيدامينه اي و تعيين جايگاهاي فعال جهت تشكيل ساختارثانويه، نشان داد كه نواحي ثابت 4 جايگاه فعال براي تشكيل ساختار ثانويه مارپيچ الفا را دارند ولي در مقابل، نواحي متغيير هيچ جايگاهي براي تشكيل اين ساختار را ندارند. اين مطالعه براي اولين بار تنوع ژنتيكي مرغ هاي بومي خراسان را بر اساس درخت تبار شناسي نشان مي دهد.

IgY is the homologue of immunoglobulin G in mammals and is composed of four polypeptide chains (two light and two heavy chains). The IgY light chain has 2 domains (variable and constant) in chickens. The constant regions possess class and subclass markers of the immunoglobulin and the variables region is involved in antigen recognition and binding. The aim of this research was to reveal the genetic and phylogenetic analysis of the light chain of immunoglobulin Y transcripts in Khorasan native chickens. For this purpose, 20 spleen sles were collected from the chickens for RNA extraction and cDNA synthesis. The IgY light chain with a length of 764 bp was lified by polymerase chain reaction using specific primers. After sequencing, mutation investigation was performed in the constant and variable regions. The results demonstrated that CDR3 and constant regions had the highest variation. Phylogenetic analysis showed that the coding gene of IgY in Khorasan native chickens had the highest similarity with French leghorn and United kingdom chickens. The constant region possessed four alpha helix structures compared to the variable region which had no alpha helix structure according to amino acid sequencing analysis and active site determination. Altogether, this study demonstrated for the first time the phylogenic basis of genetic diversity in Khorasan native chickens.