پيش بيني اپي‌توپ هاي B و T cell آنتي‌ژن P40 به منظور توسعه واكسن مايكوپلاسما آگالاكتيه با استفاده از ابزارهاي بيوانفورماتيكي

آگالاكسي يك بيماري مسري در نشخواركنندگان كوچك است كه توسط باكتري مايكوپلاسما آگالاكتيه ايجاد مي شود. پروتئين P40 از مهم ترين آنتي ژن هاي سطحي در باكتري مايكوپلاسما آگالاكتيه است، كه مي توان از آن به منظور طراحي واكسن نوتركيب استفاده كرد. هدف از مطالعه حاضر به دست آوردن ويژگي هاي بيوانفورماتيك آنتي ژن P40 بود. به همين منظور، طيف گسترده اي از نرم افزارهاي آنلاين به منظور پيش بيني B و Tcell اپي توپ ها ، ساختار دوم ، سوم و آنتي ژني سيته مورد استفاده قرار گرفت. روش هاي بيوانفورماتيكي مورد استفاده در مطالعه حاضر توسط مقايسه با نتايج چهار پيش بيني مختلف حاصل از كارهاي آزمايشگاهي تاييد شد. تجزيه و تحليل بيوانفورماتيكي اسيدهاي آمينه 2440، 98114، 218240، 251265 و 333350 را براي B cell و اسيدهاي آمينه 525، 86105، 198215 ، 143153، 214223 و 337345 را براي T cell به عنوان اپي توپ نشان داد و مشخص شد تمامي B وcell T اپي توپ هاي پيش بيني شده بجز 525، 98144، 141157، 199215 و 333350 داري قدرت آنتي ژني سيته مي باشند . در نهايت، تجزيه و تحليل بيوانفورماتيك نشان داد كه اين مناطق به طور كامل داري خصوصيات اپي توپي بوده و مي توانند براي توسعه واكسن نوتركيب مفيد باشند.

Agalactia is a disease affecting small ruminants which is caused by a mycoplasma agalactiae. P40 protein is the most important surface antigen in mycoplasma agalactiae bacteria that can be used to design recombinant vaccine. The objective of present study was obtain the bioinformatic characteristics of p40 antigen. A wide range of online prediction softwares were used to predict B and Tcells epitopes, secondary and tertiary structure and antigenicity. Applied bioinformatic approaches used in this study was validated by comparing results with four different experimental epitope predictions. Bioinformatic analysis, identified Bcell epitopes located at amino acid residues 2440, 98114, 218240, 251265 and 333350, and Tcell epitopes at amino acids 525, 86105, 198215, 143153, 214223 and 337345. All final predicted B and Tcell epitopes had antigenic ability except 525, 98144, 141157, 199215 and 333350 residuals. Finally, bioinformatic analysis showed that these regions had proper epitopes characteristics and may be useful for developing recombinant vaccines.