Author/Authors :
Tamadoni Jahromi, S Department of Genetic - Persian Gulf and Oman Sea Ecology Research Center - Iranian Fisheries Sciences Research Institute - Agricultural Research - Education and Extension Organization (AREEO), Bandar Abass, Iran , Mohd Noor, S. A Department of Biology - School of Biological Sciences - University Science Malaysia (USM), Penang, Malaysia , Pirian, K Department of Biotechnology - School of Agricultural Sciences - Bu-Alisina University, Hamadan, Iran , Dehghani, R Department of Biology - Persian Gulf and Oman Sea Ecology Research Center - Iranian Fisheries Sciences Research Institute - Agricultural Research, Education and Extension Organization (AREEO), Bandar Abass, Iran , Nazemi, M Department of Genetic - Persian Gulf and Oman Sea Ecology Research Center - Iranian Fisheries Sciences Research Institute - Agricultural Research - Education and Extension Organization (AREEO), Bandar Abass, Iran , Khazaali, A Young Researchers and Elite Club - Bandar Abass Branch, Islamic Azad University, Bandar Abass, Iran
Abstract :
In this study, mitochondrial DNA analysis using 16S ribosomal DNA (rDNA) was performed to investigate the phylogeny
relationship of Trichiurus lepturus in the Persian Gulf compared to the other investigated area. The amplification of 16S rDNA
resulted in a product of 600 bp in all samples. The results showed that the isolated strain belongs to T. lepturus showing 42
divergence sites among the same reported partial sequences of 16S rRNA gene from the other area (West Atlantic and Indo-Pacific
area). Phylogeny results showed that all 18 haplotypes of the species clustered into five clades with reasonably high bootstrap support
of values (>64%). Overall, the tree topology for both phylogenetic and phenetic trees for 16S rDNA was similar. Both trees exposed
two major clusters, one wholly containing the haplotypes of the T. lepturus species belonging to Indo-Pacific area with two major
sister groups including Persian Gulf specimen and the other cleared the Western Atlantic and Japan individuals clustered in another
distinct clade supporting the differentiation between the two areas. Phylogenic relationship observed between the Persian Gulf and
the other Indo-Pacific Individuals suggested homogeneity between two mentioned areas.
Farsi abstract :
در اين مطالعه، با استفاده از آناليز DNA ميتوكندريايي 16S ribosomal DNA (rDNA)، ارتباط فايلوژني ماهي يال اسبي متعلق به منطقه خليج فارس در مقايسه با ديگر نقاط دنيا مورد بررسي قرار گرفت. محصول واكنش زنجيره اي پليمراز با وزن مولكولي 600 جفت باز از توالي يابي ژن 16S rDNA حاصل گرديد. نتايج به دست آمده نشان داد كه توالي به دست آمده داراي 42 نقطه جابجايي نسبت به ديگر نمونه هاي گزارش شده از سراسر جهان مي باشد. ارتباط فايلوژني بين اين مجموعه نشان از وجود 18 هاپلوتايپ در 5 شاخه متفاوت با درصد قابل قبول از Bootstrap Test بود. رسم درخت فايلوژني با استفاده از دو معيار Neighbor-Joining و Parsimony نشان از وجود دو شاخه مجزا شامل يك سري از هاپلوتايپ هاي منطقه هند-اقيانوس آرام (Indo-Pacific) با دو گروه خواهري كه نمونه متعلق به ايران را نيز در بر مي گيرد و ديگر شاخه به طور شفاف نمونه هاي منطقه اقيانوس اطلس غربي و ژاپن را از ديگر نمونه ها جدا كرده كه نشان از اختلاف ژنتيكي مشخص بين اين دو منطقه مي باشد. ساختار ژنتيكي به دست آمده از نمونه متعلق به منطقه خليج فارس در مقايسه با نمونه هاي مناطق مجاور نشان از يك نوع تشابه ژنتيكي بين اين مناطق دارد كه انجام مديريت يكسان در جهت حفظ و برداشت از اين ذخاير را بيان مي دارد.
Keywords :
16S rDNA , Mitochondrial DNA , Persian Gulf , Trichiurus lepturus , Phylogeny
