Genetic variability and population structure of Raeini Cashmere goat breed assessed from pedigree analysis

در اين پژوهش، از اطلاعات شجره‌اي جمع آوري شده در ايستگاه اصلاح نژاد بز كركي راييني طي سال‌هاي 1358 تا 1391 براي مطالعه تنوع ژنتيكي و ساختار جمعيتي بز كركي راييني با در نظر گرفتن بزغاله‌هاي متولّد شده طي سال‌هاي 1388 تا 1391 به عنوان جمعيت مرجع استفاده شد. ميانگين ضريب همخوني در كل جمعيت و در جمعيت همخون به ترتيب 04/0 درصد و 41/4 درصد محاسبه شد. ميانگين ضريب همخوني و ميانگين خويشاوندي در جمعيت مرجع به ترتيب 14/0 درصد و 11/0 درصد به دست آمدند. ميانگين فاصله نسلي حاصل از چهار مسير گامتي (پدر- پسر، پدر- دختر، مادر- پسر و مادر- دختر) 72/3 سال به دست آمد كه در مسير مادر- فرزندان بيشتر از پدر- فرزندان بود. ميانگين معادل نسل كامل، به عنوان معياري از كامل بودن شجره، 25/1 به دست آمد. اندازه‌هاي موثر جمعيت بر اساس افزايش انفرادي در همتباري و افزايش انفرادي در همخوني به ترتيب 332 و 229 برآورد شدند. تعداد موثر پايه گذاران و تعداد موثر اجداد به ترتيب 240 و 137 تخمين زده شدند. تقريباً، 50 درصد كل تنوع ژنتيكي را 57 جد با بيشترين تاثيرگذاري توضيح دادند كه حداكثر مشاركت انفرادي در تنوع ژنتيكي 94/3 درصد بود. نسبت تعداد موثر پايه گذاران به تعداد موثر اجداد، به عنوان معياري از باتلنك، 75/1 به دست آمد. نتايج به دست آمده در اين پژوهش شواهدي از بروز باتلنك در اين جمعيت را آشكار كرد كه عمدتاً به دليل مشاركت نابرابر حيوانات مولد در خزانه ژني جمعيت مطالعه شده بز راييني است.

Pedigree information collected from 1979 to 2012 were used to study the genetic variability and population structure of Raeini Cashmere goats, taking kids born from 2009 to 2012 into account as the reference population. The mean inbreeding coefficients in the whole and inbred populations were computed to be 0.04% and 4.41%, respectively. Considering the reference population, the average inbreeding coefficient and average relatedness were 0.14 % and 0.11%, respectively. The mean of generation interval, computed from four gametic pathways (sire-son, sire-daughter, dam-son and dam-daughter), was 3.72 years, with a longer interval from dam-progeny pathways relative to sire-progeny ones. In the reference population, the average equivalent complete generation, as a measure of pedigree completeness, was 1.25. The effective population sizes estimated from the individual rate in coancestry and from the individual increase in inbreeding were 332 and 229, respectively. The effective numbers of founders (fe) and the effective numbers of ancestors (fa) were estimated at 240 and 137, respectively. Approximately, 50% of the total genetic variations were explained by the first 57 influential ancestors, with a maximum individual contribution of 3.94%. The ratio of fe to fa, as measure of bottleneck, was 1.75. The results revealed the evidences for occurrence of bottlenecks in the population, mainly because of unbalanced contribution of breeding animals to the gene pool of the studied population of Raeini Cashmere goat.