Other language title :
ساختار ژنتيكي و تجزيه ارتباط صفات مورفولوژيكي بر اساس مدل خطي مخلوط در ارقام محلي گوجه فرنگي ايران و تركيه
Title of article :
Genetic Structure and Mixed Linear Model-Based Association Analysis for Morphological Traits in a Collection of Tomato Landraces from Iran and Turkey
Author/Authors :
Henareh, M Agricultural and Natural Resources Research and Education Center of West Azerbaijan - AREEO - Urmia, Islamic Republic of Iran , Abdollahi Mandoulakani, B Department of Plant Breeding and Biotechnology - Faculty of Agriculture - Urmia University - Urmia, Islamic Republic of Iran , Dursun, A Department of Horticulture - Faculty of Agriculture - Ataturk University - Erzurum, Turkey , Haliloglu, K Faculty of Agriculture - Ataturk University - Erzurum, Turkey
Abstract :
To extend the genetic base of Iranian tomato germplasm, 93 landraces were collected
from the northwest of Iran and East Anatolian of Turkey, along with three commercial
cultivars, and their genetic structure were studied using 39 SSR primers. Thirty-five
polymorphic SSR loci generated a total of 118 alleles in the studied germplasm. Number
of alleles per locus and effective number of alleles averaged 3.37 and 2.47, respectively.
Expected heterozygosity of SSRs varied from 0.227 (TMS24) to 0.773 (LEta016), averaged
0.558. The mean number of alleles per genomic-SSRs (3.61) was more than that of ESTSSRs
(2.66). Cluster analysis using Neighbour Joining (NJ) method placed 96 tomato
genotypes in eight groups. Little congruence was found between NJ dendrogram and
geographical distances. Genetic structure analysis of the germplasm using Bayesian
method revealed two sub-populations and separated cherry tomatoes from the other
landraces and commercial cultivars. Out of the 21 morphological characters, significant
(P≤ 0.05) marker-trait associations were found for 18 characters. Each of SSR loci TC11,
TC948, and Tom236-237 was associated with three characters. The genetic variability,
structure, and markers associated with the studied traits in the current study can be used
for planning tomato breeding programs and future studies.
Farsi abstract :
به منظور گسترش پايه ژنتيكي ژرم پلاسم گوجه فرنگي ايران، 93 رقم محلي از شمال غرب ايران و منطقه آناتولي شرقي تركيه جمع آوري و ساختار ژنتيكي آنها به همراه سه رقم تجاري با 39 جفت آغازگر SSR مطالعه شد. 35 مكان چندشكل SSR در مجموع 118 آلل توليد كردند. متوسط تعداد آلل در هر مكان و تعداد آلل موثر به ترتيب 3/37 و 2/47 آلل بود. هتروزيگوسيتي مورد انتظار در آغازگرها از 0/227 (TMS24) تا 0/773 (LEta016) متغير و ميانگين آن 0/558 بود. ميانگين تعداد آلل SSR هاي ژنومي (3/61 ) بيشتر از EST-SSRها (2/66) بود. تجزيه خوشه اي با روش Neighbour joining، 96 ژنوتيپ گوجه فرنگي را در هشت گروه قرار داد. همگرايي كمي بين گروهبندي حاصل تجزيه خوشه اي و فواصل جغرافيايي ارقام وجود داشت. تجزيه ساختار ژنتيكي با استفاده از روش Bayesian، ژرم پلاسم مورد مطالعه را به دو گروه تقسيم كرد و ارقام گوجه فرنگي هاي ريز (چري) را از ساير ارقام محلي و تجاري متمايز كرد. متوسط شاخص تثبيت (FST) براي دو گروه 0/13 و 0/2 بود. از 21 صفت مورفولوژيك مورد مطالعه، 18 صفت با نشانگرهاي SSR ارتباط معني داري (P≤0.05) نشان دادند. نشانگرهاي TC11، TC948 و Tom236-237 هر كدام با سه صفت ارتباط معني داري نشان دادند. نتايج حاصل از مطالعه تنوع و ساختار ژنتيكي و نشانگرهاي پيوسته شناسايي شده در اين تحقيق، در طراحي برنامه هاي اصلاحي گوجه فرنگي و در مطالعات آينده مورد استفاده قرار گيرد.
Keywords :
SSR , Solanum lycopersicum , Bayesian clustering , Association mapping
Journal title :
Journal of Agricultural Science and Technology (JAST)
