انگشت نگاري DNA بر مبناي توالي هاي تكرار شونده ژنومي درگونه هاي لاكتوباسيل هاي بومي ايران با استفاده از (GTG)5-REP-PCR

زمينه و هدف استفاده از لاكتوباسيل ها به عنوان پروبيوتيك ها، نيازمند به كارگيري روش هاي دقيق و قابل اطمينان جهت شناسايي باكتري ها در سطح سوش مي باشد، زيرا بسياري از خصوصيات پروبيوتيكي وابسته به سوش مي باشد. انگشت نگاري DNA بر اساس توالي هاي تكراري ژنومي با روش REP-PCR به عنوان يك روش تايپينگ قدرتمند، جهت تعيين روابط فيلوژنيك و تاكسونومي باكتري ها مطرح مي باشد. هدف از اين مطالعه، ارزيابي و شناسايي تنوع ژنتيك سوش هاي لاكتوباسيل هاي جدا شده از منابع مختلف لبني و غذايي سنتي در ايران مي باشد. مواد و روش ها ابتدا 20 سوش از محصولات لبني سنتي از قبيل ماست، پنير، ترخينه و دوغ ترخينه جداسازي و خالص سازي شدند. واكنش PCR جهت شناسايي ايزوله ها با استفاده از پرايمرهاي دجنريت انجام گرفت و محصولات PCR پس از خالص سازي، توالي سنجي شدند. انگشت نگاري DNA با پرايمر GTG)5) جهت ژنوتايپينگ ايزوله ها انجام شد. نتايج ايزوله هاي شناسايي شده تحت عنوان لاكتوباسيلوس كازئي، برويس، پلانتاروم و انتروكوكوس فاسيوم در GenBank ثبت شدند. در پروفايل REP-PCR 20 ايزوله مورد مطالعه، الگوي باندينگ متفاوتي ديده شد. روش گروه بندي UPGMA با استفاده از نرم افزار NTSYS بر روي داده هاي مولكولي انجام گرفت كه با آناليز PCO نيز تاييد گرديد. در دندروگرام حاصله سه كلاستر اصلي شكل گرفت. بحث و نتيجه گيري روش REP-PCR يك روش كاربردي و بسيار حساس در تمايز ايزوله هاي مورد مطالعه مي باشد كه با نتايج حاصل از توالي يابي مطابقت كامل دارد. اميد است بتوان با تهيه پروفايل هاي به دست آمده، يك بانك اطلاعاتي دقيق تهيه نمود كه جهت غربالگري اوليه و در نهايت تايپينگ باكتري هاي جدا شده با صرف هزينه كمتر و با سرعت بيشتر به اجرا در آيد.