Genetic and phylogenetic analysis of the ribonucleoprotein complex genes of H9N2 avian influenza viruses isolated from commercial poultry in Iran

زمينه مطالعه: تحت تيپ ‌2N9H ويروس‌هاي آنفلوانزاي پرندگان ‌(AIVs)‌ از گونه‌هاي مختلف پرندگان در اكثر كشور‌هاي اروپايي، آسيايي، آفريقايي و آمريكايي جدا شده است. پس از اولين شيوع ويروس ‌2N9H در سال 1998 در ايران، اين ويروس به طور گسترده در تمام كشـور گستـرش يـافتـه اسـت و مـوجـب ضـررهـاي بـزرگ اقتصـادي در گلـه‌هاي طيور گرديده است. اسيدهاي آمينه متعددي در كمپلكس ريبونوكليوپروتيين ‌(RNP)‌ كه شامل پروتيين‌هاي NP و پليمرازي(2PB، 1PB و )PAاست، مرتبط با طيف ميزباني و حدت مي‌باشند. هدف: هدف ما در اين مطالعه، تعيين هويت مولكولي كمپلكس RNP در جدايه هاي ايراني تحت تيپ‌ 2N9H مي‌باشد. روش كار: تمام طـول تـوالي نوكليوتيدي كمپلكس RNP دو سويه به عنوان ‌98/101Ck/IR/ZMT-‌ و ‌10/88Ck/IR/EBGV-‌ تكثير و توالي يابي گـرديد. نتايج: آناليز فيلوژنتيك نشان داد كه هر دو سويه در زير دسته‌هاي مختلف قرار مي‌گيرند. براساس شباهت‌هاي ژنتيكي، ژن‌هاي ‌1PB، PA و NP سويه ‌10/88Ck/IR/EBGV-‌ ارتباط نزديكي با يك تحت ‌3N7H جدا شده از پاكستان داشت. اكثر جايگاه‌هاي دامنه ميزباني داراي اسيد آمينه مرتبط با تعيين كننده‌هاي پرندگان در پروتيين RNP بود. نتيجه گيري نهايي:‌ ‌براساس اين نتايج، ژن‌هاي RNP ايـران دچـار بـازآرايـي ژنتيكي شده‌اند. پايش مداوم AIV در صنايع طيور به منظور بدست آوردن اطلاعات بيشتر در رابطه با تنوع ژنتيكي ويروس‌هاي ‌2N9H و ظهور احتمالي ويروس‌هاي حاد و يا پندمي كمك كننده مي‌باشد. ‌

BACKGROUND: The H9N2 subtype of avian influenza viruses (AIVs) has been isolated in multiple avian species in many European, Asian, African and American countries. Since the first outbreak of H9N2 virus in Iran in 1998, this virus has widely circulated throughout the country, resulting in major economic losses in chicken flocks. Several amino acids in the virus ribonucleoprotein (RNP) complex including the nucleo-protein (NP) and polymerase (PB2, PB1 and PA) proteins are associated with host range and virulence. OBJECTIVES: Our aim was to understand the molecular characterization of RNP complex proteins of Iranian H9N2 subtype isolates. METHODS: The full length nucleotide sequences of RNP complex genes of two strains designated as Ck/IR/ZMT-101/98 and Ck/IR/EBGV-88/10 were amplified and sequenced. RESULTS: The phylo-genetic analysis revealed that both strains were located in different sub-lineages. However, based on the genetic similari-ties, PB1, PA and NP genes of Ck/IR/EBGV-88/10 strain had a close relationship with a H7N3 subtype strain, isolated from Pakistan. Most positions of RNP proteins contained amino acids typical of avian determinants of host range. The results showed that the Iranian RNP complex genes have undergone genetic reassortment. CONCLUSIONS: Continuous AIV monitoring in poultry industry would help to obtain more information about genetic variation of H9N2 viruses and possible emergence of virulent and/or pandemic viruses.