عنوان :
ارزيابي ژنوم جهت شناسايي گله هاي برتر قزل آلاي رنگين كمان (Onchorhynchus mykiss)
شرح پديد آور/مجري (مجريان) طرح :
پوركاظمي، محمد
شناسه هاي افزوده :
نظري، سجاد همكارطرح , نجار لشگري، سلطنت همكارطرح , رضواني گيل كلائي، سهراب همكارطرح , قادري‌زفره اي، مصطفي همكارطرح
تنالگان :
وزارت جهاد‌كشاورزي سازمان‌تحقيقات،آموزش‌و ترويج كشاورزي مؤسسه تحقيقات‌علوم شيلات كشور
چكيده فارسي :
پروژه حاضر با انجام روش هاي نوين ارزيابي ژنومي بخشي از طرح ارزيابي ژنتيكي ماهي قزلآالي رنگين كمان 1 پرورشي )mykiss Onchorhynchus )جهت توليد ماهيان عاري از بيماريهاي خاص
)SPF )بوده و به گزينش ماهيان سريع الرشد و توليد ماهيان عاري از بيماريهاي خاص اين گونه مهم اقتصادي كمك قابل توجهي مي
نمايد. در اين پروژه ابتدا هفت گروه از ماهيان قزل آالي رنگين كمان مراكز منتخب مورد تاييد سازمان دامپزشكي كشور و سازمان شيالت ايران در استان هاي مازندران، آذربايجان غربي و كهگيلويه و بوير احمد به
سالن پيش قرنطينه در مركز تحقيقات ماهيان سردآبي كشور انتخاب شدند. پس از بيهوشي ماهيان با استفاده از پودر گل ميخك، داده هاي صفات كمي از قبيل طول كل، طول استاندارد و وزن ثبت شده و همزمان از بافت باله دمي مولدين نمونه برداري صورت پذيرفت. نمونه هاي بافت ماهيان جهت استخراج DNA در الكل 96 درصد نگهداري و به منظور آزمايشات مولكولي به آزمايشگاه ژنتيك منتقل شدند. استخراج DNAژنوم از تمامي نمونه ها با كيت انجام و در ادامه كيفيت و كميت DNA بااستفاده از روش هاي الكتروفورز ژل آگارز و اسپكتروفتومتري ارزيابي گرديد. به منظور بررسي ژنوم از هر گله قزلآالي رنگينكمان پرورشي با استفاده از روش توالييابي نسل جديد )Sequancing Generation Next ،)تعداد 6 نمونه DNA( نگهداري در يخ خشك C 71 ) -به شركت يوروفين )Eurofins )كشور آلمان ارسال گرديد. پس از دريافت توالي داده ها توسط برنامة
BWAبا ژنگان مرجع همرديف شدند. چندشكلي هاي تك نوكلئوتيدي و حذف و اضافه هاي كوچك ژنگان با برنامة GATK شناسايي شدند. نتايج آناليز ژنوم قزلآالي رنگينكمان از گله هاي مختلف در مزارع پرورشي،
تعداد نوكلئوتيد و توالي هاي متعددي را نشان داد. به طوريكه تعداد باز هاي خام در نمونه هاي مختلف مزارع از 685193249 باز در مزرعه ملكي تبار تا 349468725 باز در مزرعه فخاري متغير بود. همچنين تعداد بازها
پس از ويرايش از 18 +E 24.3در مزرعه ياسوج تا 18 +85.E6 در مزرعه ملكي تبار متغير بود. ميزان توالي هايي با طول 51 جفت باز 74556191 عدد و توالي هايي با طول 91 جفت باز حدود 214983 عدد بدست آمد.
از شمار كل چندشكلي هاي تك نوكلئوتيدي 45.56, 28.27, 74.0درصد به ترتيب در ناحية بين ژني، اينترون و اگزون قرار گرفتند. يافته هاي اين پروژه بيان ميكند كه احتماال اختالط باالي جمعيت ها با يكديگر و عواملي
همچون به گزيني و سياستهاي جاري در هر مزرعه منجر به از دست رفتن تنوع و تمايز بين جمعيت ها شده است. نتايج اين مطالعه ميتواند در راستاي مديريت ذخاير پرورشي و برنامه هاي اصالحنژادي اين گونهي مهم
تجاري در ايران مورد استفاده قرار گيرد. همچنين يافته هاي اين تحقيق از طريق شناسايي چندشكلي هاي تك نوكلئوتيدي در ژنوم گله هاي قزلآالي رنگينكمان پرورشي به عنوان يك پانل نشانگر با تراكم باال، مي تواند نقش موثري براي شناسايي ذخاير و بهبود ژنتيكي و گنجاندن آنها در اهداف اصالح نژادي ايفاء نمايد.
چكيده انگليسي :
Abstract:
This research as a part of comprehensive project entitled as “Genetic Analysis of Farmed Rainbow trout
(Onchorhynchus mykiss) for production of Specific Pathogen Free (SPF), is conducted by using an advance
genome analysis, in order to select the fast growing and SPF fish as a highly commercial important species. In
this study, 7 groups (population) of Rainbow trout from Aquaculture centres in which was approved by National
Vet nary Organization and Iran Fisheries Organization from Mazandaran, West Azarbaijan, Kohkolieh and
Boyerahmad Provinces, then transported to pre-isolated section of Coldwater Fish Research Centre in Tonkabon.
Following anesthetising the fish using Clove powders, some quantitative data such as total and standard length,
weight as well as caudal fin tissues of broodstocks for molecular analysis were collected and transported to the
genetic lab. DNA was extracted using a Kit, and its quality and quantity was determined by Agaros gel
electrophoresis and spectrophotometry. Six DNA samples from each population were transported (in dry ice -70
°C) to Germany using Next Generation Sequencing method. Sequences data were analysed BWA program with
aliening with the reference sequences. GATK program were used to detect deleted and removed single
nucleotide. The sequence analysis revealed genetic variation between samples. Total bases of DNA samples
were varied from 685093249 in Malakitabar farm to 349468725 bases in Fakhari farm. Following adjusting the
bases was varied from 3.24 E + 08 in Jasooj farm to E 6.85 + 08 in Malakitabar farm. Totally 74556191 pieces
of 50 bases and 214983 pieces of 90 base sequences were obtained. By counting the Single Nucleoid
Polymorphism respectively 56.45, 27, 28 and 0.74 % between gene, Introns and exons were detected. These
finding indicate a low genetic variation within the farms due to inbreeding, selection and other management
issues that can be extended for management of Rainbow trout genetic resources in other part of country. At the
same time the results of the present study suggest to establish a panel of molecular marker with high density or
genetic improvement of rainbow trout in entire of the country.
كليدواژه :
انتخاب ژنومي , قزل آلاي رنگينكمان , توالي يابي نسل جديد NGS , صفات كمي
اطلاعات نشر :
تهران مؤسسه‌تحقيقات‌علوم‌‌شيلات كشور
مشخصات ظاهري :
تصاوير، جداول، منحني‌ها و‌نمودار
فروست :
وزارت جهاد‌كشاورزي سازمان‌تحقيقات،آموزش‌و‌ترويچ‌كشاورزي 75975
