1485

ارزﯾﺎﺑﯽ ژﻧﻮم ﺟﻬﺖ ﺷﻨﺎﺳﺎﯾﯽ ﮔﻠﻪ ﻫﺎي ﺑﺮﺗﺮ ﻗﺰل آﻻي رﻧﮕﯿﻦ ﮐﻤﺎن (Onchorhynchus mykiss)

پوركاظمي، محمد

ﻧﻈﺮي، ﺳﺠﺎد همكارطرح , ﻧﺠﺎر ﻟﺸﮕﺮ، ﺳﻠﻄﻨﺖ همكارطرح , رﺿﻮاﻧﯽ ﮔﯿﻞ ﮐﻼﺋﯽ، ﺳﻬﺮاب همكارطرح , ﻗﺎدري زﻓﺮه اي، ﻣﺼﻄﻔﯽ همكارطرح

1399

وزارت ﺟﻬﺎد ﮐﺸﺎورزي ﺳﺎزﻣﺎن ﺗﺤﻘﯿﻘﺎت، آﻣﻮزش و ﺗﺮوﯾﭻ ﮐﺸﺎورزي ﻣﺆﺳﺴﻪ ﺗﺤﻘﯿﻘﺎت ﻋﻠﻮم ﺷﯿﻼﺗﯽ ﮐﺸﻮر، ﻣﺮﮐﺰ ﺗﺤﻘﯿﻘﺎت ﻣﺎﻫﯿﺎن ﺳﺮدآﺑﯽ ﺗﻨﮑﺎﺑﻦ، ﻣﺮﮐﺰ ﺗﺤﻘﯿﻘﺎت

پروژه حاضر با انجام روش هاي نوين ارزيابي ژنومي بخشي از طرح ارزيابي ژنتيكي ماهي قزل آلاي رنگين كمان پرورشي (Onchorhynchus mykiss) جهت توليد ماهيان عاري از بيماريهاي خاص (SPF) بوده و به گزينش ماهيان سريع الرشد و توليد ماهيان عاري از بيماري هاي خاص اين گونه مهم اقتصادي كمك قابل توجهي مي نمايد. در اين پروژه ابتدا هفت گروه از ماهيان قزل آلاي رنگين كمان مراكز منتخب مورد تاييد سازمان دامپزشكي كشور و سازمان شيلات ايران در استان هاي مازندران، آذربايجان غربي و كهگيلويه و بوير احمد به سالن پيش قرنطينه در مركز تحقيقات ماهيان سردآبي كشور انتخاب شدند. پس از بيهوشي ماهيان با استفاده از پودر گل ميخك، داده هاي صفات كمي از قبيل طول كل، طول استاندارد و وزن ثبت شده و همزمان از بافت باله دمي مولدين نمونه برداري صورت پذيرفت. نمونه هاي بافت ماهيان جهت استخراج DNA در الكل 96 درصد نگهداري و به منظور آزمايشات مولكولي به آزمايشگاه ژنتيك منتقل شدند. استخراج DNA ژنوم از تمامي نمونه ها با كيت انجام و در ادامه كيفيت و كميت DNA بااستفاده از روش هاي الكتروفورز ژل آگارز و اسپكتروفتومتري ارزيابي گرديد. به منظور بررسي ژنوم از هر گله قزل آلاي رنگين كمان پرورشي با استفاده از روش توالي‌يابي نسل جديد (Next Generation Sequancing)، تعداد 6 نمونه DNA (نگهداري در يخ خشك ̊C 70- ) به شركت يوروفين (Eurofins) كشور آلمان ارسال گرديد. پس از دريافت توالي داده ها توسط برنامة BWA با ژنگان مرجع همرديف شدند. چندشكلي هاي تك نوكلئوتيدي و حذف و اضافه هاي كوچك ژنگان با برنامة GATK شناسايي شدند. نتايج آناليز ژنوم قزل آلاي رنگين كمان از گله هاي مختلف در مزارع پرورشي، تعداد نوكلئوتيد و توالي هاي متعددي را نشان داد. به طوريكه تعداد باز هاي خام در نمونه هاي مختلف مزارع از 685093249 باز در مزرعه ملكي تبار تا 349468725 باز در مزرعه فخاري متغير بود. همچنين تعداد بازها پس از ويرايش از 08+3.24 E در مزرعه ياسوج تا 08+E6.85 در مزرعه ملكي تبار متغير بود. ميزان توالي هايي با طول 50 جفت باز 74556191 عدد و توالي هايي با طول 90 جفت باز حدود 214983 عدد بدست آمد. از شمار كل چندشكلي هاي تك نوكلئوتيدي 0.74, 27.28, 56.45 درصد به ترتيب در ناحية بين ژني، اينترون و اگزون قرار گرفتند. يافته هاي اين پروژه بيان مي كند كه احتمالا اختلاط بالاي جمعيت ها با يكديگر و عواملي همچون به¬گزيني و سياست هاي جاري در هر مزرعه منجر به از دست رفتن تنوع و تمايز بين جمعيت ها شده است. نتايج اين مطالعه مي تواند در راستاي مديريت ذخاير پرورشي و برنامه هاي اصلاح نژادي اين گونه ي مهم تجاري در ايران مورد استفاده قرار گيرد. همچنين يافته هاي اين تحقيق از طريق شناسايي چندشكلي هاي تك نوكلئوتيدي در ژنوم گله هاي قزل آلاي رنگين كمان پرورشي به عنوان يك پانل نشانگر با تراكم بالا، مي تواند نقش موثري براي شناسايي ذخاير و بهبود ژنتيكي و گنجاندن آنها در اهداف اصلاح نژادي ايفاء نمايد. كلمات كليدي: انتخاب ژنومي ، قزل آلاي رنگين كمان، توالي يابي نسل جديد (NGS)، صفات كمي

This research as a part of comprehensive project entitled as “Genetic Analysis of Farmed Rainbow trout (Onchorhynchus mykiss) for production of Specific Pathogen Free (SPF), is conducted by using an advance genome analysis, in order to select the fast growing and SPF fish as a highly commercial important species. In this study, 7 groups (population) of Rainbow trout from Aquaculture centres in which was approved by National Vet nary Organization and Iran Fisheries Organization from Mazandaran, West Azarbaijan, Kohkolieh and Boyerahmad Provinces, then transported to pre-isolated section of Coldwater Fish Research Centre in Tonkabon. Following anesthetising the fish using Clove powders, some quantitative data such as total and standard length, weight as well as caudal fin tissues of broodstocks for molecular analysis were collected and transported to the genetic lab. DNA was extracted using a Kit, and its quality and quantity was determined by Agaros gel electrophoresis and spectrophotometry. Six DNA samples from each population were transported (in dry ice -70 °C) to Germany using Next Generation Sequencing method. Sequences data were analysed BWA program with aliening with the reference sequences. GATK program were used to detect deleted and removed single nucleotide. The sequence analysis revealed genetic variation between samples. Total bases of DNA samples were varied from 685093249 in Malakitabar farm to 349468725 bases in Fakhari farm. Following adjusting the bases was varied from 3.24 E + 08 in Jasooj farm to E 6.85 + 08 in Malakitabar farm. Totally 74556191 pieces of 50 bases and 214983 pieces of 90 base sequences were obtained. By counting the Single Nucleoid Polymorphism respectively 56.45, 27, 28 and 0.74 % between gene, Introns and exons were detected. These finding indicate a low genetic variation within the farms due to inbreeding, selection and other management issues that can be extended for management of Rainbow trout genetic resources in other part of country. At the same time the results of the present study suggest to establish a panel of molecular marker with high density or genetic improvement of rainbow trout in entire of the country.

انتخاب ژنومي , قزل آلاي رنگين كمان , توالي يابي نسل جديد (NGS) , صفات كمي

تهران ﻣﻮﺳﺴﻪ ﺗﺤﻘﯿﻘﺎت ﻋﻠﻮم ﺷﯿﻼﺗﯽ ﮐﺸﻮر

مصور، رنگي،جدول، نمودار

موسسه تحقيقات علوم شيلاتي كشور 57951