1852

ايجاد بانك اطلاعات ژنتيكي ميگوهاي پرورشي و پاتوژن هاي بومي آن در ايران -2

ميربخش، مريم

رضواني، سهراب ، همكارطرح , قائدنيا، بابك ، همكارطرح , غريبي، قاسم ، همكارطرح

1395

سازمان تحقيقات، آموزش و ترويج كشاورزي - موسسه تحقيقات علوم شيلاتي كشور – پژوهشكده اكولوژي خليج فارس و درياي عمان

حفاظت مسئولانه از ذخاير ژنتيكي جانوري و گياهي و حفظ تنوع زيستي به عنوان سرمايه هاي ملي با استفاده از تكنيك هاي زيست فناوري از مهمترين اهداف ايجاد بانك اطلاعات ژنتيكي است. ايجاد بانك اطلاعات ژنتيكي گونه هاي پرورشي ميگو، مطالعه ژن هاي متعدد مثل ژنهاي اقتصادي را امكان پذير مي سازد و از آن جهت كه آگاهي از تنوع ژنتيكي درون و بين جمعيتها و خط شناسه گذاري گونه هاي پرورشي ميگو براي حفاظت از گونه ها بسيار حائز اهميت مي باشد و با توجه به نقش بسيار كم و ناچيز آسيا در مطالعات جهاني خط شناسه گذاري DNA و اطلاعات كم تاكسونومي جانداران مختلف در ايران، در اين پژوهش به بررسي تنوع ژنتيكي و ايجاد بانك اطلاعات ژنتيكي ميگوهاي پرورشي ايران پرداخته شد، باركدDNA يك توالي بسيار كوتاه استاندارد از ژن كاملاً شناخته شده سيتوكروم اكسيداز І است. به كمك اين توالي DNA ميتوان پي برد كه هر جانور، گياه يا قارچ به چه گونه اي تعلق دارد. تهيه بانك اطلاعات ژنتيكي پاتوژن هاي ميگو و نگهداري اين سويه ها گامي در جهت پيشبرد پژوهش هاي آتي در زمينه مكانيسم پاتوژنز عوامل بيماريزا، تشخيص، درمان، پيشگيري از بيماري ها، توليد كيت هاي شناسايي بومي و تشخيص بيماري هاي نوظهور و نوپديد و منشا آن ها خواهد بود. لذا در اين طرح از ميگوي پرورشي وارداتي Litopenaeus vannamei و6 گونه ميگوي خليج فارس و درياي عمان كه بر اساس طبقه بندي سيستماتيك سنتي عبارت بودند از: Penaeus semisulcatus، Fenneropenaeus merguiensis ، Metapenaeus affinis ، Parapenaeopsis Stylifera و Fenneropenaeus indicus نمونه برداري شد و پس از انجام آزمايشات مولكولي بر روي توالي باركدDNA ، عمليات بيوانفورماتيكي و آناليز باركد هر توالي در نرم افزار كنسرسيوم خط شناسه گذاري (CBOL) و پايگاه داده هاي بانك جهاني ژن(NCBI) ، طبقه بندي فيلوژنتيك هر نمونه مشخص گرديد و ميزان تشابه هر نمونه با پايگاه داده هايNCBI و CBOL بررسي و نزديك ترين گونه به نمونه مورد بررسي تعيين شد. نتايج نشان دادند كه نمونه هاي L.vannamei گونه باندار P.semisulcatus ، F .merguiensis و F.indicus با نمونه هاي ساير كشورها بيش از 97 درصد مشابهت داشتند. گونه بدون باند P.semisulcatus 09/87 درصد مشابهت با گونه P.semisulcatus باند دار، نمونه M. affinis بيش از 3/90درصد شباهت با Metapenaeus ensis و نمونه Parap. Stylifera 44/93 درصد مشابهت با Parapenaeopsis coromandelica داشت كه در رابطه با گونه هايي كه درصد مشابهت كمتر از 97 درصد مي باشد نياز به بررسي هاي بيشتر و در صورت تاييد امكان اعلام گونه جديد وجود دارد. با استفاده از روش ريبوتايپينگ به شناسايي باكتري ها و قارچ هاي پاتوژن بومي جداسازي شده، تهيه بانك اطلاعات ژنتيكي آن ها و ثبت آن ها در بانك جهاني ژن پرداخته شد. در طي نمونه برداري از ميگو و آب مركز توليد ميگوي عاري از پاتوژن، 40 ايزوله باكتري جداسازي شد كه 8 ايزوله‌اي بيشترين فراواني را داشتند مورد شناسايي مولكولي براساس توالي يابي 16S rDNA قرار گرفتند. باكتري هاي مورد شناسايي عبارتند از: Vibrio nigripulchritudo strain IS013(GenBank:KP843725)، Vibrio brasiliensis strainIS014 (GenBank:KR186076)، Vibrio rotiferianus strain IS015 (GenBank:KR186077)، Vibrio azureus strain IS012 (GenBank:KJ018724.1)، Vibrio owensii strain IS016 (GenBank:KR186078)، Agarivorans gilvus strain IS017 (GenBank:KR186079)، Vibrio brasiliensis IS018 (GenBank:KR186080 و Vibrio alginolyticus strain IS019 (GenBank: KT223764) كه در بانك جهاني ژن ثبت شدند. در طي اين پژوهش ايزوله قارچي و ويروسي جداسازي نشد.

Abstract: Protection authorities of plant and animal genetic resources and conservation of biodiversity as national assets by using biotechnology techniques is the most important objectives of genetic data information bank. Establishment of shrimp species genetic data bank, makes possibility of study multiple genes such as economic genes and since knowledge of genetic variation within and among populations and barcoding species of shrimp are very important for species conservation and with so little researches of Asia in the global studies of DNA barcoding and animal taxonomy in Iran, In this study, Iran shrimp genetic diversity and genetic data bank was done. DNA barcode is a short, standard well known sequence of cytochrome oxidase І gene. By using this DNA sequence can be realized that each animal, plant or fungus belongs to which species. Also prepare a bank of genetic data shrimp pathogens and maintenance of these strains are steps to advance future researches in the fields of pathogenesis mechanism of pathogens, diagnosis, treatment, Disease prevention, production diagnosis native kits and detection of emerging and reemerging diseases its origins. So in this plan samples were collected from imported cultured shrimp Litopenaeus vannamei and and 6 Persian Gulf and Oman Sea shrimp species which classified based on traditional systematically as: Penaeus semisulcatus, Fenneropenaeus merguiensis, Metapenaeus affinis, Parapenaeopsis Stylifera and Fenneropenaeus indicus. After examination of DNA barcode sequence, molecular and bioinformatics operations of each sequence in the Consortium for the Barcode of Life (CBOL) and National Center for Biotechnology Information (NCBI), phylogenetic analysis of each sample was determined and similarity of each sample with NCBI and CBOL database was checked and the closest species to each sample were specified. According to the results different samples of L. vannamei, . banded P.semisulcatus, F. merguiensis and F. indicus have more than 97% similarity to the same species of other countries. non banded P.semisulcatus had 80.07% similarity to banded P.semisulcatus, M. affinis samples had 90.3% similarity to Metapenaeus ensis and Parap. Stylifera had 93.44% similarity to Parapenaeopsis coromandelica in the CBOL. This funding confirmed the need for further investigation and possible announcement of new species. By using ribotyping technique, native isolated pathogenic bacteria and fungi were identified and recorded in the gene bank database center. During sampling of shrimp and water of Specific Pathogen Free shrimp center, 40 bacterial strains were isolated, which 8 of them had the most frequency and identification based on 16S rDNA sequencing was performed. Bacteria identified are: Vibrio nigripulchritudo strain IS013(GenBank:KP843725)، Vibrio brasiliensis strain IS014 (GenBank:KR186076)، Vibrio rotiferianus strain IS015 (GenBank:KR186077)، Vibrio azureus strain IS012 (GenBank:KJ018724.1)، Vibrio owensii strain IS016 (GenBank:KR186078)، Agarivorans gilvus strain IS017 (GenBank:KR186079)، Vibrio brasiliensis IS018 (GenBank:KR186080) and Vibrio alginolyticus strain IS019 (GenBank:1817854), which were recorded in The World Bank genes. In this study fungal isolates were not detected.

ميگو , باكتري , قارچ , ويروس , خط شناسه DNA , ريبوتايپينگ

تهران موسسه تحقيقات علوم شيلاتي كشور

مصور (رنگي)، جدول، نمودار (رنگي)

موسسه تحقيقات علوم شيلاتي كشور 50712