2002

ارزيابي ژنتيكي ماهي قزل¬آلاي رنگين كمان (Onchorhynchus mykiss) جهت توليد ماهيان عاري از بيماري هاي خاص (SPF)

پوركاظمي،محمد

نظري، سجاد همكار طرح , نجارلشگري، سلطنت همكار طرح , برادران نويري، شهروز همكار طرح

1399

وزارت‌ جهاد كشاورزي‌ - سازمان تحقيقات، آموزش و ترويج كشاورزي - موسسه تحقيقات علوم شيلاتي كشور

در اين طرح ابتدا هفت گروه از ماهيان قزل آلاي رنگين كمان مراكز منتخب مورد تاييد سازمان دامپزشكي كشور و سازمان شيلات ايران در استان هاي مازندران، آذربايجان غربي و كهگيلويه و بوير احمد به سالن پيش قرنطينه در مركز تحقيقات ماهيان سردآبي كشور منتقل شدند. سپس پس از بيهوشي ماهيان، داده هاي صفات كمي از قبيل طول كل، طول استاندارد و وزن ثبت شده و همزمان از بافت باله دمي مولدين نمونه برداري صورت پذيرفت. نمونه هاي بافت ماهيان جهت استخراج DNA در الكل 96 درصد نگهداري و به منظور آزمايشات مولكولي به آزمايشگاه ژنتيك منتقل شدند. به منظور بررسي ژنتيكي گله قزل آلاي رنگين¬ كمان پرورشي، سه روش نشانگرهاي ريزماهواره، چندشكلي هاي تك نوكلئوتيدي و توالي‌يابي نسل جديد (NGS) مورد استفاده قرار گرفت. بيشترين مقدار آلل واقعي (71/10) و هتروزايگوسيتي مشاهده شده (11/0±49/0) در ماهيان پرورش يافته در مزرعه فخاري و كمترين مقدار آلل واقعي (01/0±29/5) و هتروزايگوسيتي مشاهده شده (08/0±34/0) در ماهيان پرورش يافته در مزرعه معروفي مشاهده شد. نتايج آناليز ژنوم قزل آلاي رنگين كمان از گله هاي مختلف در مزارع پرورشي، تعداد نوكلئوتيد و توالي هاي متعددي را نشان داد. به طوريكه تعداد باز هاي خام در نمونه هاي مختلف مزارع از 685093249 باز در مزرعه ملكي تبار تا 349468725 باز در مزرعه فخاري متغير بود. همچنين تعداد بازها پس از ويرايش از 08+ E 24/3 در مزرعه ياسوج تا 08+ E 85/6 در مزرعه ملكي تبار متغير بود. ميزان توالي هايي با طول 50 جفت باز 74556191 عدد و توالي هايي با طول 90 جفت باز حدود 214983 عدد بدست آمد. از شمار كل چندشكلي هاي تك نوكلئوتيدي 45/56، 28/27 و 74/0 درصد به ترتيب در ناحية بين ژني، اينترون و اگزون قرار گرفتند. يافته هاي اين طرح بيان مي كند كه احتمالا اختلاط بالاي جمعيت ها با يكديگر و عواملي همچون به گزيني و سياست هاي جاري در هر مزرعه منجر به از دست رفتن تنوع و تمايز بين جمعيت ها شده است. نتايج اين مطالعه مي تواند در راستاي مديريت ذخاير پرورشي و برنامه هاي اصلاح نژادي اين گونه ي مهم تجاري در ايران مورد استفاده قرار گيرد. همچنين يافته هاي اين تحقيق از طريق شناسايي چندشكلي هاي تك نوكلئوتيدي در ژنوم گله هاي قزل-آلاي رنگين كمان پرورشي به عنوان يك پانل نشانگر با تراكم بالا، مي تواند نقش موثري براي شناسايي ذخاير و بهبود ژنتيكي و گنجاندن آنها در اهداف اصلاح نژادي ايفاء نمايد.

In this investigation, seven groups of Rainbow trout from selected fish farms which were approved by Iranian Vetnary Organization and Iranian Fisheries Org. from different provinces of Mazandaran, West Azarbaijan, and Kohkolye & Boyerahmad transferred to pre-guarantee saloon at the Cold water Fish Research Center in Tonkabon. Following fish Anastasia, the quantitative trait such as total length, standard length, and weight were recorded, at the same time the caudal fin tissue were collected and preserved in 96% alcohol for DNA extraction, then transferred to Molecular genetic lab. In order to determine the genetic variation of collected samples, 3 different methods of Microsatellite, Single Nucleotide Polymorphism (SNP) and Next Generation Sequencing (NGS) were used. Maximum real allele (10.71) and heterozygosity (0.49±0.11) were observed in Fakhari fish farm. The lowest real allele (5.29±0.01) and heterozygosity (0.34±0.08) was detected in Maroufi fish farm. Based on the results of genome sequencing of Rainbow trout, the number of nucleotide and allele at different stocks of examined fish farms were varied, so that, the number of nucleotide and allele was varied from 685093249 in Malakitobar farm to 349468725 in Fakhari farm. Although the number of nucleotide after edition were varied from 3.24 E+08 in Yasouj farm to 6085E+08bin Malekitabar farm, the 50-base length sequence was 74556191 and 90 base segment was approximately 214983.Based on counting of single nucleotide polymorphism (SNP) 56.45, 27.28 and 0.74 percent were in between gene region, Introns and Exons respectively. In Conclusion, finding of the present investigation indicate that, probable high populations mixed as well as selection occurred with existing management policy of each farm lead to losses of genetic variation between populations. The results of the present study may be used for national breeding program of highly commercial species of Rainbow trout, It worth to mention that the findings of the present studies with identical Single Nucleotide Polymorphism (SNP) in Rainbow trout genome may be used as high density marker for identification of genetic resources and genetic improvement for the objective of breeding program.

انتخاب ژنومي , قزلآلاي رنگين كمان , توالي يابي نسل جديد (NGS) , صفات كمي

پوركاظمي،محمد

تهران موسسه تحقيقات علوم شيلاتي كشور

مصور، عكس(رنگي)، جدول، نقشه

موسسه تحقيقات علوم شيلاتي كشور 60082