بررسي بيوانفورماتيكي پروتئين هاي آرگونات در گياه انگور (Vitis vinifera )

پروتئین های آرگونات به عنوان جزئی جدایی ناپذیر از تمام Small RNA های شناخته شده می باشند كه فعالیت برشی اندونكلئولیتیكی، برای بسیاری از آنها ثابت شده است. گیاه انگور یكی از چندین گیاهی می باشد كه اخیرا تعیین توالی شده است و اطلاعات مربوط به ژنوم آن در دسترس می باشد، از این رو گزینه ی مناسبی برای اغلب تحقیقات بیوانفورماتیكی می باشد. هدف از این تحقیق مطالعه بیوانفورماتیكی پروتئین های آرگونات موجود در گیاه انگور با استفاده از ابزارها و روش های بیوانفورماتیكی می باشد. ابتدا توالی های آمینواسیدی پروتئین های آرگونات دو گیاه انگور و آرابید وپسیس از پایگاه اطلاعاتی مورد نظر دریافت شد، سپس با استفاده از نرم افزار CluStal W همردیفی توالی های صورت گرفت، در ادامه با استفاده از نرم افزار bOXShade نواحی حفظ شده این توالی ها به صورت ملموس تر نشان داده شده سپس دامنه ها، درخت فیلوژنی و ساختار سه بعدی برخی از این پروتئین ها مشخص شد و در انتها با استفاده از نرم افزار CIC main WOrkbench بررسی های بیشتری روی این پروتئین ها انجام شد. این تحقیق نشان داد كه انگور دارای ۱۵ پروتئین آرگونات می باشد كه ژن های كد كننده این پروتئین ها به صورت پراكنده روی اكثر كروموزوم های انگور قرار دارند. پروتئین های آرگونات موجود در گیاه انگور به طور كلی دارای سه دامنه اصلی به نام های MID ،FAZ و PIWI می باشند و این پروتئین ها هنگام رسم درخت فیلوژنی در سه دسته مجزا قرار می گیرند كه نشان از حفظ شدگی این پروتئین ها در گونه های مختلف گیاهی می باشد.