طراحي روشي جديد مبتني بر ARMS PCR براي تشخيص ژنوتيپ ژن MMP-9 در بيماران سرطان پستان

سابقه و هدف : كلاژناز تیپ-4 (9-MIMP) یكی از مهمترین ژنهائی است كه به علت هضم كلاژن میتواند در جدائی سلولها از بافت پایه و بدخیمی آنها نقش داشته باشد و به همین علت به عنوان یك تومور ماركر برای چنیدن سرطان مهم معرفی شده است. وجود الل T در ناحیه 1562 - پروموتوری این ژن باعث افزایش بیان این ژن در سطح رونویسی از طریق كاهش اتصال پروتئین های مهار كننده رونویسی در بیماران سرطانی میگردد، با توجه به اهمیت این پلی مورفیسم در درمان افراد سرطانی هدف مطالعه حاضر طراحی روشی سریع برای تعیین ژنوتیپ افراد در این پلیمورفیسم بدون استفاده از PCR- RFLP است. مواد و روشها: با استفاده از سایت اطلاعات ژنی ( EPD توالی دو طرف منطقه مورد نظر دریافت شد و نرم افزار 1 PRIMER برای طراحی چهار جفت پرایمر اختصاصی الل برای دو طرف منطقه مورد نظر استفاده شد، با انجام PCR های مختلف دو جفت پرایمر بهتر انتخاب و ARMS PCR ) برای انها بهینه سازی شد برای تائید نتایج PCR از تعیین توالی Sequencing استفاده شد. یافته ها: با استفاده از پرایمرهای طراحی شده محصول PCR دارای طول 205 نوكلئوتید نشانگر وجود الل C و محصول دارای طول 253 نوكلئوتید نشانگر وجود الل T برای ژن 9-MIMP است. نتیجه گیری: با استفاده از این تكنیك بدون نیاز به روش هضم انزیمی RF LP و با سرعت و دقت بالا میتوان ژنوتیپ افراد را با یك PCR اختصاصی ARMS مشخص كرد.

type IV Collagenase in one of the most important genes that with respect to its function in collagen digestion can be affective in separation of the cells from the basal lamina and the metastasis of them so this gene is known as a tumor marker of several cancers. Existence of a single nucleotide polymorphism -1562 C/T at this gene promoter case Overexpression of this gene in transcr4iption level by decrease of inhibitor protein bonding on T alleles. The aim of the present study was to investigate a new method for the personʹs genotype on this polymorphism without the use of PCR RFLP Material and methods with EPD genome database usage the sequences of adjacent the polymorphism receives and by using PRIMER1 software 4 primer were designed for the area. With multiple PCR reaction the best primer were selected and the ARMSPCRwas optimized for them. The PCR genotyping results were approved by direct Sequencing. Results: with the use of new designed primers the ARMS PCR product with 205 nucleotide size showed Callele and the PCR products with 253 nucleotide sizes showed the Tallele. Conclusions: with the use of this technique we can determine the personʹs genotype with an ARMS PCR without the use of RFLP and with a higher speed and accuracy