شبيه سازي ديناميك مولكولي شارش يون هاي پتاسيم در كانال KcsA در ميدان هاي الكتريكي ثابت

Simulations Molecular Dynamics of Potassium Ions Permeation Through KcsA Channel

در اين مقاله با استفاده از روش ديناميك مولكولي و نرم افزار گرومكس كانال يوني پتاسيم KcsA را در معرض ميدان هاي الكتريكي ثابت قرار داديم. از آنجايي كه عملكرد اين كانال و شارش يون ها از آن وابسته به پتانسيل طبيعي غشايي است، بنابراين اعمال ميدان هاي متفاوت از ميدان طبيعي دو سر غشا باعث تغيير اين عملكرد مي شود. با اعمال ميدان هاي مختلف ثابت مشاهده كرديم كه شارش يون هاي پتاسيم از كانال يوني فقط در پتانسيل ثابت طبيعي خود انجام مي شود و تغيير اين ميدان اعمالي باعث متوقف شدن حركت يون هاي پتاسيم مي گردد. همچنين با اسفاده از نتايج به دست آمده، شارش پيش بيني شده يون ها از كانال در تطابق خوبي با نتايج تجربي بود.

In this paper, we exposed the channel of Potassium ions (KcsA) with constant electric fields, using Molecular Dynamic Method and Growmax software. Since the channel’s performance and also the flow of ions are dependent on the natural potential of cell’s membrane, imposing different fields from the natural field of the two sides of the membrane changes this performance. Imposing different constant fields, we perceived that the flow of Potassium ions from the ion channel is only performed in its natural stable potential and changing this imposed field causes stop in the movements of potassium ion. Also, it was in good coordinate with exprimental results, predict permeation of Potassium ions of channel with the use of these results