پويش ژنومي نژادهاي اسب ايراني و خارجي براي شناخت ساختار ژنوم و بررسي اندازه موثر جمعيت

هدف از اين تحقيق بررسي ساختار ژنوم و اندازه مؤثر جمعيت با استفاده از اطلاعات نشانگرهاي SNP موجود در سراسر ژنوم حاصل از تراشههاي متراكم Equine 50K در 37 نژاد اسب ايراني و خارجي در قالب هشت گروه مختلف بوده است. در اين راستا بعد از كنترل كيفيت دادههاي حاصل از تعيين ژنوتيپ SNP ها با استفاده از تراشه Equine 50K تعداد 40074 SNP جهت محاسبه اندازه مؤثر جمعيت مورد استفاده قرار گرفت. آماره iHs براي شناسايي وضعيت اجدادي هر SNP مورد استفاده قرار گرفت. براي شناسايي نشانههاي انتخاب در داخل و بين نژادها از آماره هاي مختلف استفاده شد كه نوع آماره ها بر اساس وضعيت SNP ها و ميزان LD تعيين شد. چنانچه تعداد افراد از نژادهاي مختلف متفاوت باشند ميزان 2r براي اندازه نمونه تصحيح خواهد شد. سپس براي تعيين مناطق هسته، ساختارهاي بلوك هاپلوتايپي و ترتيب قرار گرفتن آللهاي مختلف در هر هاپلوتايپ نرمافزارهاي مختلفي از جمله Sweep ، GOLD ، HAPLOVIEW و PHASE مورد استفاده قرار گرفت. نهايتا ژنهاي مورد بررسي كه در طي چندين نسل داراي بلوك هاپلوتيپي يكساني هستند جهت براورد اندازه موثر جمعيت در داخل و بين جمعيتها مورد مقايسه قرار مي گيرند.