مطالعه تفكيك جمعيتهاي اسب تركمن، كرد، دره شوري و كاسپين ايران به روش PCA با استفاده از SNP-Chip 70K

شناخت اساس ژنتيكي تنوع فنوتيپي، يكي از اهداف اصلي تحقيقات زيستي است و استفاده از حيوانات اهلي ابزاري سودمند براي پيشرفت در راستاي اين هدف ميباشد. ساختار ژنتيكي جمعيت در طي تكامل دستخوش تغيير شده و درك اين ساختار هاي اسب ¬ در روند تكامل براي گسترش جهشهاي مفيد بسيار موثر است. اين تحقيق با هدف بررسي ساختار ژنتيكي جمعيت بر اساس استفاده از نشانگرهاي چند شكلي تك نوكلئوتيدي انجام شد. بدين منظور تعداد 172 حيوان از 4 نژاد اسب ايراني شامل تركمن، كرد، دره شوري و كاسپين به ترتيب از استانهاي گلستان، كردستان، كرمانشاه، فارس، البرز و گيلان خون گيري انجام شد و سپس DNA نمونه ها به روش فنل كلرفرم در آزمايشگاه بيوتكنولوژي دانشگاه تهران توسط شركت دانش بنيان ساينا گستر البرز انجام و نمونه ها جهت توالي يابي به آزمايشگاه دانشگاه كنتاكي ارسال گرديد. تعيين ژنوتيپ نمونهها با استفاده از تراشه ژنومي SNP-chip 70k انجام شد. جهت بررسي ساختار ژنتيكي در اين مجموعه داده ها از روش PCA استفاده شد تا بر اساس شباهتها و تفاوتهاي بين حيوانات ساختار جمعيتها مشخص گردد. در كل نتايج حاصل از اين مطالعه نشان دهنده مطابقت خوشهبندي ژنتيكي جمعيتها با فواصل جغرافيايي آنهاست. اين روش به محقق اين امكان را ميدهد كه ساختار جوامع متشكل از هزاران حيوان را بدون داشتن هر گونه اطلاعاتي از شجره و نژاد، تجزيه و تحليل كند. چشم-انداز كلي اين طرح تعيين تعلق يا وابستگي نژادي هر يك از اسبهاي به يكي از نژادهاي اسب اصيل بود كه ميتواند نقش بسيار مهمي در تعيين ميزان خلوص و انحرافات ژنتيكي با هدف تشخيص ميزان و درصد ناخالصي نژادي داشته باشد. نتايج نشان داد كه با استفاده از روش PCA قادر به تفكيك 4 نژاد اسب ايران مي باشد. از لحاظ ژنتيكي اسب دره شوري نزديك به اسب كرد و اسب هاي نژاد كاسپين نيز در دو گروه تقريبا مجزا قرار گرفتند و همچنين اسب تركمن داراي قرابت بيشتري با اسب كرد نسبت به نژاد هاي ديگر دارد. لذا با توجه به اينكه بررسي ساختار جمعيت ها در آناليزهاي ژنوميك و ارتباط بسيار مهم مي باشد. بهتر است كه در ارزيابي ژنوميك و مطالعات ارتباط بر اساس گستره ژنوم و ساختار ژنوميكي جمعيت ها مورد توجه قرار گيرد.