آناليز كامپيوتري اپيتوپهاي بي سل پوشش پروتئيني ويروس برگ بادبزني مو

بيماري برگ باد بزني موGrapevine fanleaf virus ، جزو شايع ترين بيماريهاي ويروسي مو بوده و در بين متجاوز از 60 عامل ويروسي و شبه ويروسي كه در مو شناسايي شده است جزو يكي از مخربترين آنها در سراسر دنيا محسوب شده و در ايران نيز گسترش چشمگيري دارد .بررسي تنوع پوشش پروتئيني اين ويروس نشان داده است كه جدايه هاي ايراني، در زير شاخه فيلوژنتيكي مجزايي قرار دارند. در صورتي كه تنوع موجود در اسيد امينه هاي پوشش پروتئيني اين ويروس باعث ايجاد اپيتوپ متفاوتي براي جدايه هاي ايراني گردد، چالش براي يافتن آنتي بادي اختصاصي و توليد كيتهاي اليزا جهت تشخيص دقيق و زود هنگام آلودگي ويروسي اميد بخش تر خواهد بود. با اين هدف، آناليز تنوع جدايه اي ويروس، در سطح اپيتوپ خطي به كمك يكي از مطمئن ترين نرم افزارهاي مربوطه انجام شد. براي اين منظور و با استفاده از داده هاي موجود در بانك اطلاعات بيولوژيكي NCBI ، 558 توالي مربوط به پوشش پروتئيني GFLV ، جمع آوري شده و پس از انجام همرديفي بكمك نرم افزار Mega 4، و ايجاد درخت فيلوژنتيكي براي تفكيك شاخه هاي متفاوت ويروس از همديگر كه بكمك نرم افزار Megalign انجام شد، شناسايي اپيتوپهاي پيوسته با استفاده از سرور BCPREDS و با سه روش متفاوت BCPred، FBCPred و AAP صورت گرفت. بررسي تنوع اپيتوپي سويه هاي ايراني و خارجي و مقايسه آن در شاخه هاي مختلف با استفاده از نرم افزار Excell صورت گرفت در نهايت از بين 30 توالي مربوط به سويه هاي ايراني ويروس كه توسط پنج گروه از محققان جمع اوري شده بود 20 توالي در يك شاخه فيلوژنتيكي تجمع يافتند كه اين امر وجود تفاوت نسبي سويه هاي ايراني را نسبت به سويه هاي خارجي نشان داد. در نهايت دو اپيتوپ خطي متفاوت و مختص سويه هاي ايراني توسط سرور BCPREDS شناسايي شد كه مي تواند مورد استفاده در توليد آنتي بادي اختصاصي سويه قرار گيرد.