شناسايي SNPها بين دو گونه‌ي Ocimum basilicum و Ocimum tenuiflorum به روش In silico

ريحان (Ocimum basilicum L.) گياهي يكساله متعلق به خانواده‌ي نعناعيان و غني از تركيبات فنيل پروپانوئيدي و ترپن‌ها مي‌باشد كه به اسانس اين گياه خاصيت دارويي بخشيده است. در اين تحقيق به منظور شناسايي تنوعهاي تك نوكلئوتيدي (SNPها) در نواحي كد كننده برخي ژنهاي مهم دخيل در بيوسنتز فنيل پروپانوئيدها بين دو گونه O. basilicum و O. tenuiflorum از روش In Silico استفاده شد. بدين منظور ابتدا توالي نواحي كد كننده چهار ژن درگير دراين مسير (اوژنول O-متيل ترنسفراز، سيناميل الكل دهيدروژناز، 4-كومارات كوآنزيم آ ليگاز و كافئيك اسيد O-متيل ترنسفراز (در دو گونه‌ي O. basilicum و O. tenifoulium از سايت NCBI دانلود گرديد و سپس با استفاده از نرم افزار Clastal omega هم رديفي انجام و SNP‌ها شناسايي شد. نتايج هم‌ رديفي بين اين دو گونه نشان داد كه تبديل بازهاي A - G و T - C در توالي‌ چهار ژن مورد مطالعه به فراواني وجود دارند ولي در ژن اوژنول o- متيل ترنسفراز 113 SNP يافت گرديد كه در مقايسه با ديگر ژن‌هاي مورد مطالعه بالاترين تنوع مشاهده شده بود. همچنين درج و حذف باز در اين ژن مشاهده گرديد كه در ساير ژن‌ها وجود نداشت. به طور كلي نتايج اين تحقيق نشان داد كه تنوع تك نوكلئوتيدي در بين گونه¬هاي مختلف ريحان به فراواني مشاهده مي¬شود.