بازسازي شبكه ي عملكرد ژني با استفاده از ساختار اول پروتئين و شبكه هستي شناسي ژن

با توجه به اين موضوع كه حيات يك سلول به ارتباطات برهم كنش بين مولكول هاي مختلف درون سلول وابسته است، مشخص شد كه تحليل و ارزيابي مولكول هاي ساده زيستي به تنهايي براي درك عملكرد يك ارگانيسم خاص كافي نيست. بنابراين حوزه جديدي در بيوانفورماتيك با عنوان زيست سامانه ها )شبكههاي زيستي( ايجاد شد. شبكه هاي زيستي را ازنقطه نظر نوع رابطه ي بين اجزاي سلولي، مي توان به دسته هاي مختلفي نظير شبكه ي برهمكنش پروتئيني و شبكه ي عملكرد ژني دسته بندي كرد. با توجه به ماهيت شبكه ي عملكرد ژني، استفاده از اين شبكه ها در اولويت بندي ژن هاي بيماري يا طراحي دارو نسبت به شبكه هاي زيستي ديگر كارايي بيشتري دارد. اما بازسازي و مدل سازي اين شبكه ها داراي مشكلاتي نظير نامطمئن بودن منابع زيستي اوليه ي مختلف است. با توجه به كاربردها و چالش هاي كه بيان شد، در اين پژوهش از ساختار اول پروتئين به عنوان يك داده ي مطمئن اوليه بار پيش بيني يال ها و مدل سازي يك شبكه عملكرد ژني مطمئن استفاده شده است. به منظور ساخت و ارزيابي شبكه از ارتباطات هستي شناسي ژن )به عنوان داده استاندارد( و از رويكرد خودهمبستگي به منظور استخراج ويژگي استفاده شده است. همچنين يك دسته بند RandomForest به عنوان روش دسته بند مورداستفاده قرارگرفته است. اين روش بروي مجموعه داده مخمر آزمايش شده است كه به دقت 90 درصد دست يافته ايم.