شناسايي واريانت هاي آللي در جايگاه ژني APAF1 موثر بر صفات توليد مثلي در گاو هلشتاين

Detection of allelic variants in APAF1 locus affecting reproduction traits in Holstein cattle

ژنAPAF1 در ناحيه هاپلوتايپ HH1 گاو هلشتاين قرار داشته و به طور موثري باعث كاهش باروري در گاو مي شود. هدف از پژوهش حاضر شناسايي واريانت هاي آللي ژن APAF1 با روش PCR-SSCP در گاوهاي هلشتاين در ايران بوده است. به اين منظور 200 نمونه خون تهيه و استخراج DNA با كيت انجام شد. سپس يك جفت آغازگر اختصاصي با نرم افزار Oligo7 طراحي شد به طوري كه يك قطعه از اگزون 11 اين ژن كه حاوي جهش موثر بر باروري گاو هلشتاين بود را تكثير نمود. پس از PCR تعيين ژنوتيپ نمونه ها با روش SSCP انجام و فراواني هاي ژني و ژنوتيپي با نرم افزار POPGEN محاسبه شدند. در اين جايگاه دو آلل A و B و دو ژنوتيپ AA و AB به ترتيب با فراواني هاي 96/5، 3/5 و 93 و 7 درصد مشاهده شدند. ژنوتيپ BB در نمونه هاي مورد مطالعه مشاهده نشد. با توجه به نقش اين ژن در كاهش توانايي باروري گاو هلشتاين و با توجه به نتايج حاصل شده در اين پژوهش بررسي ساير قسمت هاي ژن APAF1 از جمله ناحيه تنظيمي آن و ارتباط آن با صفات توليدمثلي و توليدي در جمعيت گاوهاي شيري پيشنهاد مي شود.

The APAF1 gene is located in HH1 haplotype of Holstein cattle and effectively causes the reduction of fertility in cattle. The aim of preset study was to detection of allelic variants of APAF1 gene using PCR-SSCP method in Holstein cattle in Iran. For this purpose, 200 blood samples were prepared and DNA was extracted by kit. Then, a specific primer pairs was designed using Oligo7 software which amplified a fragment from exon 11 of this gene that contained effective mutation influenced Holstein cattle fertility. After PCR, the genotyping was done by SSCP assay and allelic and genotypic frequencies were calculated by POPGEN software. In this locus, two alleles and genotypes were seen with frequencies of 96.5, 3.5 and 93 and 7%, respectively. The BB genotype was not seen in studied samples. According to role of this gene in reduction of fertility in Holstein cattle and according to results obtained from present study, investigation of other regions of APAF1 such as regulatory region and its association with reproduction and production traits in population of dairy cattle are recommended.