افزايش نرخ فشرده سازي رشته هاي DNA با استفاده از جستجوي كتاب رمز بهينه به كمك الگوريتم بهينهسازي ازدحام ذرات تطبيقي

دي ان اي يك ساختار مولكولي است كه حاوي اطلاعات وراثتي ميباشد. ويژگي ذاتي و مهمDNA اين است كه يك رشته ي DNAشامل زيررشتههاي تكراري بسياري ميباشد. به همين دليل امروزه اكثر فشردهسازها به جستجو و كد كردن اين زيررشتههاي تكراري ميپردازند. در اين مقاله ابتدا يك كتاب رمز با استفاده از جستجوي قالبهاي تكراري در داخل رشته ي DNA به كمك الگوريتم بهينهسازي ازدحام ذرات تطبيقي فازي تهيه شده، سپس فشرده سازي رشته ي DNA به كمك آن صورت ميگيرد. در انتها فايل بدست آمده توسط بهترين انتخاب از بين bzip2 و هافمن مجددا كدگذاري ميشود. الگوريتم فضاي كمي جهت انجام عمليات فشردهسازي نياز دارد و داراي پيچيدگي زيادي نميباشد، بنابراين براي انجام عمليات فشردهسازي نياز به سخت افزار قدرتمندي نداريم. ويژگي ديگر اين الگوريتم از بين بردن محدوديتهاي ساير روشها ميباشد، يعني وابسته به نوع روش ذخيرهسازي و گروه خاصي از رشتهها نيست و هر رشته يDNA در فرمت عمومي را به عنوان ورودي قبول ميكند. همچنين در اين الگوريتم براي اولين بار، بهترين DNA و هر رشتهي مقدار براي طول زيررشته طي عمليات فشردهسازي بدست آمده و ميتواند متغيير نيز باشد. الگوريتم پيشنهادي بر روي 10 رشته ي DNA محك تست شده و نشان داده است كه توانسته نرخ فشردهسازي بهتري نسبت به ساير روشهاي معروف فشرده سازي DNA بدست آورد