واكاوي بيوانفورماتيكي ناحيه 5`-UTR ژن نوروپپتيد واي (NPY) در مرغ‌هاي بومي استان فارس

Bioinformarical Analysis of 5`-UTR of NPY gene in Fars native fowls

هدف اين پژوهش، توالي يابي و بررسي بيوانفورماتيكي ژن نوروپپتيد واي (ناحيه 5`-UTR، قطعه 240 جفت بازي) در مرغان بومي استان فارس بود. خون‌پيري اوليه از 200 قطعه مرغ بومي ايستگاه پرورش و اصلاح نژاد مرغ بومي استان فارس (شمس آباد) انجام شد. استخراج DNA با روش نمكي انجام شد. تشخيص جايگاه‌ها با واكنش زنجيره‌اي پلي‌مراز و تكنيك RFLP انجام شد. هضم آنزيمي با آنزيم برشي DraI انجام شد. براي بررسي بيوانفورماتيكي توالي، خوانش‌هاي مناسب از محدوده‌ي بازهاي 20-220 انتخاب شدند. نتايج نشان داد كه، جهش نوكليوتيدي در قطعه 240 جفت بازي سبب جابجايي باز آدنين با سيتوزين مي‌شود. همرديفي توالي پروتيني به دست آمده با توالي پروتين‌هاي نوروپپتيد واي ساير گونه‌ها نشان داد كه اين توالي پروتئيني، با ماهي گورخري (Danio rerio) 27 درصد مشابهت داشت؛ ولي با ساير گونه‌ها از جمله انسان و حيوانات خانگي مشابهتي ديده نشد.

The aim of the current study was to sequence and bioinformatical analysis of a 240 base pair from 5`-UTR region of NPY gene in Fars native chicken. Blood samples were collected on 200 laying hens of Fars Native Fowls Breeding Center (Shamsabad station). The whole DNA was extracted using salting out protocol. The region was amplified by PCR, genotyping was performed by RFLP technique and digestion carried out by DraI restriction enzyme. After genotyping of all individuals, proper reads from 20-220 bases were selected for sequencing. The results showed that a mutation replaced adenine by cytosine. Blasting of protein produced by NPY gene in the studied genotypes showed 27 percent similarity with Danio rerio fishes, but there were no similarity between it and other species such as human and pets.