رديابي دومين حفاظت شده TIR مربوط به گيرنده هاي شبه تول انساني در گياه آويشن با استفاده از آناليزهاي ترانسكريپتوم

گيرنده هاي شبه تول (TLRs) مولكول ها و ساختارهاي اختصاصي پاتوژن ها در موجودات مختلف بويژه انسان در پستانداران عالي مي باشد. هنگامي كه اين الگوهاي ثابت ميكروبي به اين گيرنده ها متصل مي گردد باعث فعال شدن دومين بين غشايي اين گيرنده ها به نام گيرنده Toll/IL-1β(TIR) مي گردد. اين پروتئين با رابط هاي پروتئيني ديگر موجب فعال شدن مسير پيام رسان و شروع برخي پاسخ هاي سيستم ايمني ذاتي مي گردد. دومين TIR داراي يك توالي آمينو اسيدي بسيار حفاظت شده در بين ارگانيسم هاي مختلف از جمله گياهان است در حقيقت وجود همين دومين غشايي باعث واكنش گياهان به اجزاي قارچ ها، ديواره سلولي باكتري ها و غيره مي گردد. ابتدا دامين TIR در موقعيت 672-818 (شماره ثبت O00206) پروتئين TLR4 انساني از ديتابيس uniprot تهيه گرديد با آناليز reverse translation و هم ترازي آن با توالي TLR4 CDS توالي نوكلئوتيدي اين دومين بدست آمد. از طرف ديگر 12 ران RNA-seq گياه آويشن (thymus vulgaris) (به شماره ثبت پروژه PRJNA417241) با استفاده از SRAtoolkit, pakage دانلود گرديد. پس از ارزيابي هاي كنترل كيفيت با استفاده از نرم افزار FASTQCو حذف خوانش هاي داراي كيفيت پايين تر از حد تعيين شده آناليز فراواني خوانش ها انجام گرفت. آناليز Denovo assembly براي خوانش ها با پارامترهاي mismatch cost:2، Insertion cost: 3 و deletion cost : 3 صورت پذيرفت . در مجموع 67874 كانتيگ با طول حداقل و حداكثر به ترتيب 1435 و 15423 باز بدست آمد. اين كانتيگ ها به صورت local database جهت بلاست تولي دومين TIR مورد استفاده قرار گرفت. از مجموع 41ركورد براي آن چهار ركورد identity 100 درصد با طول 20 نوكلئوتيد بود. چهار موقعيت فوق به همراه شش موقعيت كه داراي identity بالاي 95 درصد بودند بر روي TIR شناسايي گرديد و ميزان حفاظت شدگي TIR و آمينواسيدهاي توالي TIR در گياه آويشن در ساختارهاي اوليه و ثانويه مشخص گرديد. نتايج اين تحقيق گام نخست در شناخت يكي از اجزاي مهم سيستم ايمني گياه آويشن مي باشد كه بر اساس نواحي conserve بدست آمده قابليت تعين توالي كل اين دومين را ايجاد مي كند.