بررسي ساختار و عملكرد پروتئين Rhamnogalacturonides degradation RhiN از باكتري Bacteroides xylanosolvens با استفاده از بيوانفورماتيك

آنزيم رامنوگالاكتورونيداز كه سبب هيدروليز پيوندهاي گلايكوزيديك مي شود جز آنزيمهاي گلايكوزيل هيدرولاز مي باشد كه عمل تجزيه قندهاي پيچيده مانند سلولز، همي سلولز و پكتين را برعهده دارد. اين آنزيم در باكتري Bacteroides xylanosolvens كه از ميكروبيوتاي روده محسوب مي شود سبب تجزيه ديواره سلولي سلولهاي گياهي مي شود و بدين ترتيب در هضم و جذب فيبرهاي گياهي توسط روده انسان بسيار موثر مي باشد. پروتئين بررسي شده در اين مطالعه Rhamnogalacturonides degradation RhiN از باكتري Bacteroides xylanosolvens مي باشد كه تا كنون به روش تجربي تعيين ساختار نشده است. در اين پژوهش، مدل‌سازي آنزيم رامنوگالاكتورونيداز با استفاده از نرم افزار مدلر9.17 انجام شد كه پس از انتخاب بهترين مدل، كمينه سازي انرژي و ارزيابي كيفي مدل با روشهاي محاسباتي موجود انجام شد و در ادامه، جهت بررسي عملكرد آنزيم، ميان‌كنش آن با سوبستراي مناسب (پكتين) با نرم افزارهاي داكينگ مورد بررسي قرار گرفت. اين بررسي سبب شناسايي اسيدآمينه هاي مهم دراتصال آنزيم به پكتين شد و نتايج نشان داد كه مدل ارائه شده جهت بررسي ميان‌كنش آنزيم- سوبسترا، مدل مطلوبي مي باشد.