مطالعه ساختار و عملكرد آنزيم آلفا آميلاز با روشهاي بيوانفورماتيكي

آميلازها از مهم ترين آنزيم هاي مورد استفاده در صنعت هستند كه از منابع مختلفي مانند گياهان، جانوران و ميكروارگانيسم ها مشتق مي شوند. آلفا آميلازهاي ميكروبي عمدتا از منابع قارچي و باكتريايي هستند و در صنايع مختلفي نظير صنايع غذايي، نساجي، كاغذ و شوينده كاربرد دارند. براي توليد آنزيم آميلاز جهت كاربردهاي صنعتي، منابع ميكروبي ترجيح داده ميشوند زيرا مزايايي از قبيل تنوع ژنهاي ميكروبي در محيط زيست، فعاليت بالاي آنزيمي در محدوده وسيعي از شرايط (PH، دما، فشار و غيره)، ساده و كم هزينه بودن روش توليد را دارا مي باشند. در اين پژوهش به منظور مطالعه ساختار آنزيم، مدلسازي آنزيم آلفا آميلاز باكتريايي با استفاده از نرم افزار مدلر9.17 انجام شد كه پس از انتخاب بهترين مدل، كمينه سازي انرژي و ارزيابي كيفي مدل توسط روشهاي محاسباتي موجود انجام شد و در ادامه، جهت بررسي عملكرد آنزيم، ميانكنش آن با سوبستراي مناسب ( نشاسته) با نرم افزارهاي داكينگ مورد بررسي قرار گرفت. اين بررسي سبب شناسايي اسيدآمينه هاي مهم دراتصال آنزيم به نشاسته شد و نتايج نشان داد كه مدل ارائه شده جهت بررسي ميانكنش آنزيم- سوبسترا، مدل مطلوبي مي باشد..