شماره ركورد كنفرانس :
4398
عنوان مقاله :
موازي سازي الگوريتم ساخت آرايه پسوندي به منظور تطبيق دقيق رشته هاي DNA برروي پردازنده گرافيكي
پديدآورندگان :
ظريف سعيده Saeedeh.zarif@mshdiau.ac.ir دانشگاه آزاد اسلامي واحد مشهد , دلداري حسين hd@um.ac.ir دانشگاه آزاد اسلامي واحد مشهد
كليدواژه :
آرايه‌هاي پسوندي , الگوريتم SA-IS , پردازنده‌ي گرافيكي , كودا
عنوان كنفرانس :
سومين كنگره بين المللي فن آوري، ارتباطات و دانش (ICTCK2016)
چكيده فارسي :
آرايه‌هاي پسوندي يك‌رشته، مجموعه‌ي مرتبي از تمام پسوندهاي آن رشته هستند كه اين ساختمان داده در زمينه‌هاي شاخص گذاري متن، فشردگي داده و تطبيق الگو كاربرد دارند. در دهه اخير، الگوريتم‌هاي سري زيادي براي ساخت آرايه‌هاي پسوندي ارائه‌شده است. در اين مقاله بر روي يكي از دسته‌هاي اصلي الگوريتم‌هاي ساخت آرايه‌هاي پسوندي مطالعه‌اي انجام شد و هدف موازي‌سازي يكي از الگوريتم‌هاي سري ارائه‌شده در دسته دوم بر روي معماري موازي پردازنده‌ي گرافيكي است. الگوريتم SA-IS (Suffix Array-Induce Sorting) كه يك الگوريتم بازگشتي بازمان خطي است، قابليت موازي‌سازي به روش تقسيم و غلبه را دارد و جزء آخرين كارهاي تحقيقاتي در اين دسته است را مي‌توان به‌صورت موازي بر روي سخت‌افزار پردازنده گرافيكي پياده‌سازي كرد. اين الگوريتم توسط پلت فرم كودا با استفاده از تكنيك‌هاي پردازنده‌ي گرافيكي قابل پياده‌سازي است. سرعت اين الگوريتم موازي نسبت به الگوريتم سري آن درداده هايي با حجم بالا تا 40 برابر و نسبت به الگوريتم موازي مشابه در دسته خودش 2/1 برابر افزايش مي‌يابد.
