انطباق ساختارهاي RNA با استفاده از مدل هاي مخفي ماركوف

يكي از روش هاي تعيين شباهت و مقايسه ي دو ساختار - RNA ، انطباق آنها مي باشد. در اين مقاله يك روش مبتني بر مدل مخفي ماركوف براي انطباق ساختارهاي دوم RNA پيشنهاد مي گردد. در اين مدل توالي هاي مختلف RNA از خانوادههاي مختلف با يكديگر مقايسه شده و ميزان شباهت آنها با يكديگر سنجيده مي شود. براي تخمين پارامترهاي مدل از الگوريتم ME استفاده مي شود، الگوريتم EM الگوريتم استانداردي براي بيشينه كردن پارامترهاي HMM ميباشد. نتايج بدست آمده نشان مي دهند كه مدل هاي مخفي ماركوف علاوه بر انطباق ساختارهاي اول RNA ، ساختارهاي دوم RNA را نيز با دقت بالايي انطباق مي دهند. بنابر نتايج بدست آمده RNA هاي عضو خانواده ي HDV با صحت 83.33 % و SP برابر 89%و SN برابر 98 % و RNA هاي عضو خانواده ي PURINE با صحت 56 % و SP برابر76% و SN برابر 76 % مطابقت داده شدند