رسم شبكه ژني درگير در تنش شوري در جو (Hordeum vulgare L.)

(Design of gene network involved in salinity stress in barley (Hordeum vulgare L

شوري يكي از محرك ترين فاكتورهاي محيطي است كه بهره وري در گياهان را كاهش مي دهد و اين به دليل وجود غلظت بالاي نمك در خاك مي باشد. جو يك گياه مقاوم به شوري است و در مناطق خشك و نيمه خشك قابل كشت است. جو يك محصول زراعي مقاوم به شوري است. با اين حال افزايش غلظت سديم كلريد منجر به كاهش ميزان جوانه زني در آن مي شود. در اين تحقيق، ژن هاي متفاوت بيان شده (91 ژن افزايش يافته و 73 ژن كاهش يافته) در جو تحت تنش شوري با درنظر گرفتن Fold change>2 or <-2 و pvalue<0.05 توسط نرم افزار CLC Genomics شناسايي شدند. سپس توسط نرم افزار version3.6.1 Cytoscape شبكه ژني ژن هاي شناسايي شده رسم گرديد. براي اين منظور از سايت STRING بهره گرفته شد. در نهايت ژن هاي MLOC_37763.1, MLOC_37543.1, MLOC_38941.1 به عنوان ژن هاي كليدي درگير در شوري معرفي شدند.

Salinity is one of the most stimulating environmental factors that reduces the productivity of plants. In this study, different gene expressions (91 genes increased and 73 reduced genes) were detected in barley under salinity stress, with Fold change> 2 or <-2 and pvalue <0.05 determined by CLC genomics software. Then, the gene network among identified genes was designed through Cytoscape version3.6.1 software. Finally, MLOC_37763.1, MLOC_37543.1, MLOC_38941.1 genes were introduced as key genes involved in salinity.